More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1667 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 528 aa  1088    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  63.69 
 
 		 520 aa  664    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5316  AMP-dependent synthetase and ligase  62.12 
 
 		 528 aa  677    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.924286  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4705  AMP-dependent synthetase and ligase  62.16 
 
 		 528 aa  675    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.643471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7864  ATP-dependent AMP-binding family protein  60.69 
 
 		 524 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4415  AMP-dependent synthetase and ligase  62.12 
 
 		 527 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.93 
 
 		 518 aa  266  8e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.78 
 
 		 537 aa  264  3e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.86 
 
 		 517 aa  261  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.86 
 
 		 517 aa  259  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.86 
 
 		 517 aa  259  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.33 
 
 		 517 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.87 
 
 		 517 aa  256  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.14 
 
 		 517 aa  253  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.94 
 
 		 522 aa  253  8.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.94 
 
 		 522 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.75 
 
 		 522 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.21 
 
 		 516 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.55 
 
 		 517 aa  249  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  32.75 
 
 		 522 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.75 
 
 		 505 aa  248  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 517 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.9 
 
 		 517 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.82 
 
 		 517 aa  232  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.64 
 
 		 534 aa  229  8e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.46 
 
 		 534 aa  229  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.74 
 
 		 525 aa  207  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 520 aa  206  9e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 498 aa  202  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 536 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.21 
 
 		 509 aa  198  3e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 521 aa  195  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 551 aa  192  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 511 aa  192  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  28.36 
 
 		 527 aa  191  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 583 aa  190  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  31.58 
 
 		 512 aa  190  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  29.04 
 
 		 496 aa  188  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  29.04 
 
 		 496 aa  188  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.96 
 
 		 491 aa  188  3e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  28.91 
 
 		 546 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 509 aa  186  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 531 aa  186  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  30.18 
 
 		 538 aa  186  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 507 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  28.7 
 
 		 553 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0912  AMP-binding protein  29.49 
 
 		 570 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  30.94 
 
 		 519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 553 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0916  AMP-binding protein  29.49 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0991636  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0370  AMP-binding domain-containing protein  29.49 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0119  AMP-binding domain-containing protein  29.49 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.51 
 
 		 529 aa  184  3e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0670  AMP-binding domain-containing protein  29.49 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2505  AMP-binding domain-containing protein  29.49 
 
 		 521 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  28.87 
 
 		 496 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 518 aa  184  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1068  AMP-binding domain-containing protein  29.67 
 
 		 731 aa  183  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.94 
 
 		 512 aa  182  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  30.88 
 
 		 487 aa  181  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 		 522 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  29.66 
 
 		 504 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.21 
 
 		 556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.76 
 
 		 583 aa  181  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.21 
 
 		 556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.21 
 
 		 556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  28.66 
 
 		 496 aa  180  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.98 
 
 		 570 aa  180  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  29.98 
 
 		 504 aa  179  8e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 		 532 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  29.48 
 
 		 508 aa  179  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 514 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 512 aa  179  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 537 aa  178  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 503 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 539 aa  179  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.8 
 
 		 495 aa  178  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 514 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  29.64 
 
 		 506 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 551 aa  177  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 		 520 aa  177  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0867  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 543 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 508 aa  176  8e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.25 
 
 		 513 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 509 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 662 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  28.73 
 
 		 511 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5890  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 520 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.188723 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 485 aa  174  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2221  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.86 
 
 		 562 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.202713 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  29.37 
 
 		 540 aa  174  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  29.44 
 
 		 571 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  30.32 
 
 		 544 aa  173  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  29.5 
 
 		 540 aa  173  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 520 aa  173  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  29.5 
 
 		 540 aa  173  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 504 aa  173  5.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  29.13 
 
 		 552 aa  173  6.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 770 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 526 aa  173  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>