More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4415 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4705  AMP-dependent synthetase and ligase  90.11 
 
 		 528 aa  996    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.643471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4415  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 527 aa  1085    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5316  AMP-dependent synthetase and ligase  83.65 
 
 		 528 aa  929    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.924286  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  62.12 
 
 		 528 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7864  ATP-dependent AMP-binding family protein  75.43 
 
 		 524 aa  830    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  57.23 
 
 		 520 aa  598  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.12 
 
 		 518 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.2 
 
 		 517 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30 
 
 		 517 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.93 
 
 		 522 aa  231  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30 
 
 		 517 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.93 
 
 		 522 aa  230  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.93 
 
 		 517 aa  229  7e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.27 
 
 		 517 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.31 
 
 		 517 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.73 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.53 
 
 		 505 aa  227  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.73 
 
 		 522 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  31.73 
 
 		 522 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 517 aa  225  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.77 
 
 		 537 aa  223  8e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.1 
 
 		 517 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.43 
 
 		 516 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.94 
 
 		 517 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 525 aa  204  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 520 aa  201  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 487 aa  193  6e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 532 aa  190  4e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  30.99 
 
 		 538 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  29.63 
 
 		 510 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 560 aa  187  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 536 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  29.01 
 
 		 512 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.02 
 
 		 534 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.02 
 
 		 534 aa  184  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  28.85 
 
 		 504 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.52 
 
 		 517 aa  184  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.52 
 
 		 517 aa  184  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.52 
 
 		 517 aa  184  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  29.08 
 
 		 506 aa  183  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  29.39 
 
 		 553 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.68 
 
 		 512 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.41 
 
 		 529 aa  182  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 		 553 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.13 
 
 		 514 aa  179  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 518 aa  179  8e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 509 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 531 aa  179  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.59 
 
 		 556 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 509 aa  178  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.59 
 
 		 556 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.59 
 
 		 556 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 531 aa  177  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00330906 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 1043 aa  176  8e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 		 527 aa  176  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  29.51 
 
 		 503 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 521 aa  176  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 		 522 aa  176  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  28.54 
 
 		 504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 520 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  27.82 
 
 		 546 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  29.12 
 
 		 510 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 		 519 aa  174  3.9999999999999995e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.05 
 
 		 509 aa  174  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 517 aa  173  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.51 
 
 		 491 aa  173  7.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.47 
 
 		 538 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 530 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 514 aa  172  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  30.31 
 
 		 4930 aa  172  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 630 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 500 aa  171  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0355  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 559 aa  171  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476101  hitchhiker  0.000011609 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  29.09 
 
 		 506 aa  171  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 525 aa  170  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  29.34 
 
 		 519 aa  170  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.48 
 
 		 570 aa  170  7e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 537 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4009  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 540 aa  169  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 507 aa  169  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  27.96 
 
 		 496 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  30.68 
 
 		 503 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21210  enterobactin synthetase component E (2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase)  28.92 
 
 		 548 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0419167  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  29.82 
 
 		 510 aa  167  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  28.93 
 
 		 519 aa  167  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  27.35 
 
 		 496 aa  167  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  27.35 
 
 		 496 aa  167  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 546 aa  167  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.86 
 
 		 492 aa  167  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  29.69 
 
 		 506 aa  167  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 552 aa  167  5.9999999999999996e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 507 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 532 aa  166  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  27.55 
 
 		 496 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  28.97 
 
 		 530 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 		 510 aa  166  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 541 aa  166  1.0000000000000001e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00896755  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 		 515 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>