More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4204 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 533 aa  1095    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  44.98 
 
 		 536 aa  427  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 708 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 572 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.94 
 
 		 534 aa  227  4e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.94 
 
 		 534 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  30.14 
 
 		 551 aa  203  5e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.63 
 
 		 535 aa  189  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 525 aa  189  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.82 
 
 		 538 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.39 
 
 		 545 aa  186  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 520 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  31.29 
 
 		 538 aa  183  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 549 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.68 
 
 		 537 aa  176  9.999999999999999e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.82 
 
 		 516 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.54 
 
 		 514 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  28.3 
 
 		 547 aa  173  6.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.25 
 
 		 510 aa  172  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  28.46 
 
 		 512 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.66 
 
 		 510 aa  171  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.27 
 
 		 517 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.27 
 
 		 517 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.28 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.6 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.6 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.8 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 537 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.6 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.6 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.6 
 
 		 510 aa  169  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.87 
 
 		 517 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.4 
 
 		 510 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.07 
 
 		 517 aa  168  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.87 
 
 		 517 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  28.82 
 
 		 501 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.08 
 
 		 505 aa  164  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.08 
 
 		 517 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  27.69 
 
 		 512 aa  164  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.28 
 
 		 807 aa  163  8.000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  29.15 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.26 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  29 
 
 		 500 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  29 
 
 		 500 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 		 517 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 552 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.88 
 
 		 517 aa  162  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.34 
 
 		 550 aa  161  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 513 aa  161  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.88 
 
 		 522 aa  160  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.88 
 
 		 522 aa  161  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  29.45 
 
 		 502 aa  160  5e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 525 aa  160  7e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 		 495 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.67 
 
 		 522 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  28.37 
 
 		 521 aa  159  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  26.67 
 
 		 522 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 532 aa  158  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 		 539 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  26.64 
 
 		 539 aa  157  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.87 
 
 		 510 aa  156  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.13 
 
 		 509 aa  155  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 		 662 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  28.83 
 
 		 568 aa  154  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  29 
 
 		 503 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  27.61 
 
 		 609 aa  151  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 538 aa  149  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 		 544 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 		 517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 544 aa  148  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  26.43 
 
 		 544 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 		 532 aa  146  9e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  27.99 
 
 		 511 aa  146  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 518 aa  145  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 508 aa  145  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 		 552 aa  143  7e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  26.49 
 
 		 498 aa  143  9e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.87 
 
 		 513 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  27.51 
 
 		 543 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3198  AMP-dependent synthetase and ligase  28.06 
 
 		 509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.179395  normal  0.194105 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3056  thioester reductase domain-containing protein  28.21 
 
 		 2376 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0594537 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  28.29 
 
 		 597 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2768  AMP-dependent synthetase and ligase  27.57 
 
 		 558 aa  142  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000354199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 		 514 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.1 
 
 		 610 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  28.97 
 
 		 5154 aa  140  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  26.17 
 
 		 576 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  27.07 
 
 		 592 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  27.07 
 
 		 592 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  27.46 
 
 		 508 aa  139  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  27.07 
 
 		 592 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  28.28 
 
 		 562 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 541 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 506 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 522 aa  137  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.25 
 
 		 630 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  28.52 
 
 		 557 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  27.51 
 
 		 532 aa  136  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.69 
 
 		 601 aa  137  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3648  AMP-dependent synthetase and ligase  28.73 
 
 		 519 aa  136  9e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>