More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4606 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 610 aa  1221    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  63.31 
 
 		 593 aa  679    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.36 
 
 		 622 aa  645    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  62.67 
 
 		 592 aa  686    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  56.74 
 
 		 630 aa  640    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  95.41 
 
 		 610 aa  1158    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.78 
 
 		 605 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.33 
 
 		 600 aa  529  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  45.13 
 
 		 596 aa  498  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  45.05 
 
 		 598 aa  470  1.0000000000000001e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.61 
 
 		 608 aa  392  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.6 
 
 		 609 aa  365  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.88 
 
 		 621 aa  364  3e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  39.85 
 
 		 592 aa  352  1e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.53 
 
 		 597 aa  352  2e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.04 
 
 		 608 aa  350  6e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.82 
 
 		 592 aa  347  3e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.82 
 
 		 592 aa  347  3e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.82 
 
 		 592 aa  347  5e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 603 aa  345  1e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.68 
 
 		 601 aa  342  1e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.06 
 
 		 612 aa  333  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.15 
 
 		 600 aa  329  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  39.69 
 
 		 598 aa  327  3e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.96 
 
 		 608 aa  326  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.15 
 
 		 608 aa  324  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  36.14 
 
 		 710 aa  311  2.9999999999999997e-83  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  35.54 
 
 		 639 aa  308  2.0000000000000002e-82  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.523538 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  36.06 
 
 		 723 aa  306  5.0000000000000004e-82  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.46 
 
 		 590 aa  286  5e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  31.97 
 
 		 653 aa  260  5.0000000000000005e-68  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.28 
 
 		 708 aa  189  9e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 572 aa  182  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 552 aa  176  8e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.49 
 
 		 545 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  30.39 
 
 		 551 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  29.32 
 
 		 547 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 		 535 aa  163  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.34 
 
 		 534 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.34 
 
 		 534 aa  162  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 512 aa  161  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.41 
 
 		 514 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.55 
 
 		 535 aa  159  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 513 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  30.8 
 
 		 501 aa  153  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 549 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 509 aa  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.02 
 
 		 512 aa  151  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 		 539 aa  150  6e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  28.26 
 
 		 544 aa  149  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 517 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  27.53 
 
 		 543 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 		 520 aa  147  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 		 525 aa  147  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.07 
 
 		 550 aa  147  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  25.1 
 
 		 495 aa  146  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.28 
 
 		 538 aa  145  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 522 aa  144  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 		 527 aa  144  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.81 
 
 		 518 aa  144  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  30.35 
 
 		 500 aa  143  8e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  30.35 
 
 		 500 aa  143  8e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 509 aa  143  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.15 
 
 		 537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  27.81 
 
 		 539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 		 568 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  26.1 
 
 		 533 aa  141  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 537 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.51 
 
 		 517 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.93 
 
 		 517 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 		 490 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 546 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  25.24 
 
 		 536 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.06 
 
 		 510 aa  140  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  140  7e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.05 
 
 		 517 aa  140  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.8 
 
 		 505 aa  140  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.06 
 
 		 517 aa  140  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.84 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.72 
 
 		 517 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 		 538 aa  138  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.7 
 
 		 509 aa  139  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 		 542 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 499 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.8 
 
 		 522 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.62 
 
 		 510 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 544 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.8 
 
 		 522 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  28.8 
 
 		 522 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 517 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.92 
 
 		 510 aa  137  7.000000000000001e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.31 
 
 		 516 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.1 
 
 		 517 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  29.52 
 
 		 508 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  31.2 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>