More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1508 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  100 
 
 		 535 aa  1073    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.65 
 
 		 545 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.47 
 
 		 550 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 		 549 aa  509  1e-143  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  40.81 
 
 		 551 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 544 aa  328  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  39.17 
 
 		 527 aa  328  2.0000000000000001e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 		 542 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  39.32 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 534 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.59 
 
 		 534 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  36.14 
 
 		 538 aa  296  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 552 aa  296  9e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  37.52 
 
 		 547 aa  292  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 543 aa  284  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 543 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  38.01 
 
 		 509 aa  262  1e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 537 aa  259  6e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 546 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  38.12 
 
 		 550 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 517 aa  247  4.9999999999999997e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.85 
 
 		 517 aa  246  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.65 
 
 		 517 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 		 537 aa  244  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.44 
 
 		 517 aa  244  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.24 
 
 		 517 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.47 
 
 		 517 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 512 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 708 aa  239  8e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  34.65 
 
 		 538 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 572 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 520 aa  228  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 568 aa  227  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.22 
 
 		 522 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  32.22 
 
 		 522 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 521 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 		 514 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32 
 
 		 505 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 544 aa  220  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 512 aa  220  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.79 
 
 		 517 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 560 aa  220  3.9999999999999997e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 		 541 aa  220  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 		 517 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 518 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.59 
 
 		 517 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 490 aa  219  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.79 
 
 		 522 aa  219  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.26 
 
 		 537 aa  218  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.79 
 
 		 522 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 538 aa  218  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 807 aa  214  3.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 525 aa  213  7e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  29.72 
 
 		 576 aa  212  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 530 aa  210  6e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 		 492 aa  209  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 506 aa  208  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.12 
 
 		 517 aa  207  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.38 
 
 		 512 aa  207  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.73 
 
 		 517 aa  207  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 514 aa  205  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 539 aa  203  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.88 
 
 		 518 aa  203  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  29.04 
 
 		 576 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.06 
 
 		 516 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 513 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  33.01 
 
 		 512 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  29.7 
 
 		 578 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  28.31 
 
 		 576 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  30.22 
 
 		 576 aa  196  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1624  benzoate-CoA ligase  30.37 
 
 		 526 aa  196  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.420761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 525 aa  195  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 516 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.4 
 
 		 510 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 630 aa  195  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 524 aa  195  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 		 511 aa  194  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.91 
 
 		 608 aa  194  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  28.9 
 
 		 575 aa  193  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 511 aa  193  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  28.44 
 
 		 570 aa  193  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 539 aa  192  9e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 532 aa  192  9e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  28.6 
 
 		 549 aa  192  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  29.57 
 
 		 575 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  30.11 
 
 		 561 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  29.57 
 
 		 575 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  29.19 
 
 		 547 aa  192  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.54 
 
 		 513 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 498 aa  192  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  27.76 
 
 		 513 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.6 
 
 		 517 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  29.57 
 
 		 575 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.6 
 
 		 517 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.6 
 
 		 517 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 		 544 aa  190  4e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  29.79 
 
 		 527 aa  190  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.61 
 
 		 510 aa  190  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 662 aa  190  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>