More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1553 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 546 aa  1108    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  43.26 
 
 		 560 aa  412  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  36.09 
 
 		 547 aa  329  7e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 552 aa  323  6e-87  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  38 
 
 		 527 aa  290  4e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 542 aa  278  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.07 
 
 		 545 aa  276  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 535 aa  274  4.0000000000000004e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 551 aa  271  1e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 544 aa  266  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.34 
 
 		 534 aa  265  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.34 
 
 		 534 aa  264  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 537 aa  260  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 543 aa  258  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.98 
 
 		 538 aa  252  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 549 aa  248  3e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.36 
 
 		 535 aa  247  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 550 aa  246  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.39 
 
 		 550 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 543 aa  230  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.74 
 
 		 509 aa  211  4e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 520 aa  205  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 		 512 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 586 aa  198  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.47 
 
 		 514 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.38 
 
 		 512 aa  194  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 525 aa  194  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.93 
 
 		 517 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.25 
 
 		 517 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  31 
 
 		 575 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.34 
 
 		 517 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 		 708 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  30.81 
 
 		 575 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 539 aa  191  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 572 aa  190  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.13 
 
 		 517 aa  190  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  30.81 
 
 		 575 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  31.37 
 
 		 575 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  30.81 
 
 		 575 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.93 
 
 		 517 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  31.15 
 
 		 576 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  30.26 
 
 		 576 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 517 aa  187  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  31.37 
 
 		 575 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  30.91 
 
 		 575 aa  187  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  31.12 
 
 		 576 aa  187  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  31.36 
 
 		 570 aa  186  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.93 
 
 		 517 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.44 
 
 		 517 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12527  AMP-binding domain protein  31.09 
 
 		 547 aa  182  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0503764 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  29.56 
 
 		 532 aa  182  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 544 aa  182  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  28.73 
 
 		 536 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.6 
 
 		 522 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  29.51 
 
 		 506 aa  180  5.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.4 
 
 		 522 aa  179  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.19 
 
 		 522 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  28.19 
 
 		 522 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  29.62 
 
 		 572 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 541 aa  178  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.4 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  30 
 
 		 538 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 		 565 aa  177  5e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  26.22 
 
 		 662 aa  177  6e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.08 
 
 		 503 aa  176  8e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 		 807 aa  176  9e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.19 
 
 		 517 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.98 
 
 		 505 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 		 530 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  29.85 
 
 		 522 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.65 
 
 		 518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  27.65 
 
 		 518 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 518 aa  174  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 		 521 aa  173  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  29.19 
 
 		 552 aa  173  6.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  28.94 
 
 		 508 aa  172  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 553 aa  172  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.737985 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 527 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 510 aa  171  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 509 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  29.76 
 
 		 578 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 568 aa  171  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 576 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 576 aa  171  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 516 aa  170  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 570 aa  171  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 576 aa  170  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 576 aa  170  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 576 aa  170  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  29.62 
 
 		 503 aa  170  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 		 576 aa  170  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0339  AMP-binding domain protein  28.63 
 
 		 602 aa  170  7e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.01 
 
 		 537 aa  169  9e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  28.46 
 
 		 561 aa  169  9e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3872  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 502 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0626194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.72 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 544 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  28.65 
 
 		 560 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>