More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2833 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
1002 aa  2008    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.457495  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2977  acyl-CoA synthetase  53.18 
 
 
1005 aa  1015    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.120124  normal  0.0134257 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1267  AMP-dependent synthetase and ligase  51.37 
 
 
981 aa  932    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2962  acyl-CoA synthetase  53.18 
 
 
1005 aa  1014    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3517  acyl-CoA synthetase  52.19 
 
 
989 aa  988    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249867 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11700  acyl-CoA synthetase  52.82 
 
 
999 aa  993    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.257643 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3006  acyl-CoA synthetase  53.18 
 
 
1005 aa  1014    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.639197 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3301  acyl-CoA synthetase  52.19 
 
 
991 aa  988    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.91 
 
 
592 aa  140  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.74 
 
 
592 aa  139  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.74 
 
 
592 aa  139  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.05 
 
 
601 aa  135  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  25.09 
 
 
596 aa  135  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.09 
 
 
597 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.1 
 
 
600 aa  131  7.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.71 
 
 
600 aa  127  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.83 
 
 
609 aa  127  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  25.59 
 
 
603 aa  125  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.7 
 
 
592 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  24.6 
 
 
592 aa  115  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  25.7 
 
 
610 aa  114  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.69 
 
 
612 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  25.83 
 
 
608 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  21.73 
 
 
605 aa  108  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  24.86 
 
 
610 aa  107  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  25.32 
 
 
708 aa  107  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  22.65 
 
 
639 aa  105  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3995  alpha/beta hydrolase fold  28.61 
 
 
465 aa  104  9e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.78 
 
 
608 aa  104  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.17 
 
 
622 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.39 
 
 
598 aa  103  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3795  alpha/beta hydrolase fold  24.41 
 
 
383 aa  102  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  23.43 
 
 
630 aa  99.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  22.4 
 
 
593 aa  96.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5780  alpha/beta hydrolase fold protein  28.25 
 
 
369 aa  96.3  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.390306  normal  0.513722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.22 
 
 
608 aa  94.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  25.2 
 
 
512 aa  94  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  26.22 
 
 
608 aa  93.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  22.52 
 
 
590 aa  91.7  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1430  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1231  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1208  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1210  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1331  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1406  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1471  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.55 
 
 
361 aa  90.5  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1369  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.18 
 
 
361 aa  89.7  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0617716  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3975  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.18 
 
 
361 aa  89  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1232  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.88 
 
 
361 aa  87  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4161  alpha/beta hydrolase fold protein  26.51 
 
 
372 aa  86.3  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368421  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1759  benzoate-CoA ligase  23.71 
 
 
527 aa  83.2  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00396412  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1044  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.88 
 
 
361 aa  82.4  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1241  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.77 
 
 
363 aa  82.4  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2197  PHB de-polymerase domain-containing protein  25.4 
 
 
375 aa  81.3  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3496  PHB de-polymerase-like  25.88 
 
 
373 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.270414  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  22.43 
 
 
572 aa  80.5  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4870  PHB de-polymerase domain-containing protein  25.88 
 
 
373 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0105  alpha/beta hydrolase fold  22.8 
 
 
372 aa  80.5  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5416  PHB de-polymerase domain-containing protein  26.05 
 
 
373 aa  80.5  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.602147  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  20.93 
 
 
534 aa  79.7  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4553  alpha/beta hydrolase fold  22.8 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2385  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.03 
 
 
358 aa  79  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.767924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  20.93 
 
 
534 aa  79  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  24.43 
 
 
500 aa  78.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  24.43 
 
 
500 aa  78.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1145  hypothetical protein  23.67 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.444597  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  24.07 
 
 
522 aa  77.4  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2455  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  22.77 
 
 
530 aa  77.4  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  23.01 
 
 
598 aa  76.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1512  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.75 
 
 
356 aa  76.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.117815  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11768  acyl-CoA synthetase  25.67 
 
 
532 aa  77  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000365626 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0991  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.26 
 
 
464 aa  75.9  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2415  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  28.79 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00432612  normal  0.509875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  24.04 
 
 
538 aa  75.1  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  21.47 
 
 
553 aa  74.7  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0114  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.43 
 
 
357 aa  73.9  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.292099  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2149  PHB de-polymerase domain protein  25.5 
 
 
381 aa  73.9  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  23.11 
 
 
532 aa  73.2  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  22.87 
 
 
539 aa  73.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  23.98 
 
 
501 aa  73.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  20.51 
 
 
547 aa  72.8  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2266  AMP-dependent synthetase and ligase  22.43 
 
 
545 aa  73.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  20.95 
 
 
525 aa  72.8  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3551  alpha/beta hydrolase fold  25.07 
 
 
360 aa  72.4  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  23.9 
 
 
481 aa  72  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  21.81 
 
 
520 aa  72  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  24.22 
 
 
511 aa  72  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  25.3 
 
 
560 aa  72  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  24.28 
 
 
502 aa  71.6  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0497  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.67 
 
 
364 aa  71.2  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2482  putative hydrolase  24.44 
 
 
368 aa  70.9  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5539  acetate/CoA ligase  24.2 
 
 
649 aa  70.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1170  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.42 
 
 
353 aa  70.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.120374 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.69 
 
 
482 aa  70.1  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  21.78 
 
 
538 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  24.5 
 
 
544 aa  70.1  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2163  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.26 
 
 
464 aa  70.1  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.734471  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1854  AMP-dependent synthetase and ligase  25.09 
 
 
567 aa  70.1  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1548  acyl-CoA synthetase  24.79 
 
 
557 aa  69.3  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0453148  normal  0.562815 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2077  AMP-dependent synthetase and ligase  21.93 
 
 
549 aa  69.3  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>