53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1994 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1994  peptidase  100 
 
 		 104 aa  203  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  0.197441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2346  hypothetical protein  59.18 
 
 		 104 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1786  peptidase  60.2 
 
 		 104 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.106224  normal  0.0469804 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3350  peptidase  59.18 
 
 		 104 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3213  peptidase  54.46 
 
 		 102 aa  104  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.328849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3773  peptidase  51.43 
 
 		 103 aa  103  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.568838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1353  peptidase  52.94 
 
 		 114 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.160523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3382  lipoprotein, putative  53.68 
 
 		 101 aa  100  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0486545  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28590  Peptidase M4, thermolysin propeptide  74.07 
 
 		 106 aa  98.2  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1946  peptidase  62.5 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29720  hypothetical protein  66.3 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2542  hypothetical protein  66.3 
 
 		 100 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29710  hypothetical protein  49.48 
 
 		 102 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.266098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2541  hypothetical protein  49.48 
 
 		 102 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0415354  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3774  peptidase  45.54 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.390086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47230  hypothetical protein  47.92 
 
 		 102 aa  83.2  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1351  peptidase  43.4 
 
 		 103 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.207788  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1993  peptidase  41.84 
 
 		 102 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.872282  normal  0.14577 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  41.58 
 
 		 103 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1785  peptidase  31.68 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.15986  normal  0.0473515 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5131  hypothetical protein  35.05 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1945  peptidase  36.25 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0053357 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1661  peptidase  35.24 
 
 		 104 aa  57.4  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2345  hypothetical protein  34.18 
 
 		 102 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.651641  hitchhiker  0.0000248352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3351  peptidase  32.5 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3780  peptidase  35.23 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0241  peptidase  35.23 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000271334 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0242  peptidase  34.09 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3764  membrane protein  48.68 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.915458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0240  peptidase  33.71 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0246  Propeptide PepSY amd peptidase M4  33.71 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000325989 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0243  peptidase  33.71 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4315  peptidase  33.33 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0240  peptidase  33.71 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1609  hypothetical protein  32.91 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3770  peptidase  28.87 
 
 		 102 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.150501 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0358  peptidase  38.81 
 
 		 88 aa  51.2  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4486  hypothetical protein  32.95 
 
 		 88 aa  50.4  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3432  Propeptide PepSY amd peptidase M4  31 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.476517  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5098  membrane protein  30.23 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.447324  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3019  peptidase  47.83 
 
 		 206 aa  48.5  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3383  hypothetical protein  30.68 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0287551  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1884  peptidase  31.76 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3214  peptidase  29.21 
 
 		 106 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.333592 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3061  peptidase  32.47 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1912  Propeptide PepSY amd peptidase M4  38.36 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0313  membrane protein  35.8 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003783  membrane protein  39.19 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000349662  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0422  propeptide PepSY amd peptidase M4  32.32 
 
 		 173 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4084  membrane protein  30.56 
 
 		 109 aa  41.6  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.187965 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0935  peptidase  38.24 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.088972 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3687  peptidase  32.86 
 
 		 181 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.075913  normal  0.111826 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02657  hypothetical protein  35 
 
 		 142 aa  40.4  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>