More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0416 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
287 aa  587  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.23 
 
 
283 aa  409  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.623157  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.57 
 
 
284 aa  346  2e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.847413  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.75 
 
 
285 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.71 
 
 
284 aa  335  3.9999999999999995e-91  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.94 
 
 
288 aa  335  3.9999999999999995e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.27 
 
 
306 aa  335  5.999999999999999e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1180  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.47 
 
 
293 aa  334  9e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0727781  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
285 aa  330  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.76 
 
 
284 aa  328  6e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
285 aa  327  1.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.76 
 
 
287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.88 
 
 
283 aa  325  6e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
286 aa  325  6e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  53.47 
 
 
286 aa  325  8.000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.76 
 
 
285 aa  323  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.35 
 
 
286 aa  321  7e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
286 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
286 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.317832 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
287 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  52.43 
 
 
286 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
297 aa  314  9e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.48 
 
 
284 aa  312  2.9999999999999996e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.35 
 
 
289 aa  306  2.0000000000000002e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
282 aa  306  3e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.144902 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
285 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  normal  0.0427159 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
285 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
285 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  50.54 
 
 
288 aa  305  7e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
285 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.11398  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.24 
 
 
285 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.08 
 
 
296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
288 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  300  2e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  300  2e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2292  short-chain dehydrogenase/reductase, oxidoreductase  51.79 
 
 
291 aa  300  2e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.253121  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  299  3e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  299  3e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  51.08 
 
 
288 aa  300  3e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  299  3e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  299  3e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  50.72 
 
 
288 aa  299  4e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.24 
 
 
285 aa  298  7e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  50.36 
 
 
288 aa  298  9e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2905  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.97 
 
 
292 aa  297  1e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.72 
 
 
284 aa  296  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3899  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.1 
 
 
284 aa  296  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.190456 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2584  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.32 
 
 
292 aa  297  2e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  50 
 
 
288 aa  295  5e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.7 
 
 
282 aa  293  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2253  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
285 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1971  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
285 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0942003  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
285 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.473076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3149  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
285 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.653242  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3020  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
285 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0991  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
291 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123495  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1278  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.35 
 
 
285 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.93331  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2925  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.39 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.08 
 
 
287 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.259282  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  46.18 
 
 
291 aa  275  6e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.51 
 
 
292 aa  275  9e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.907948  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1817  short chain dehydrogenase  50.73 
 
 
337 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
293 aa  271  6e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2129  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48 
 
 
289 aa  271  1e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1207  short chain dehydrogenase  50.71 
 
 
337 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
295 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  49.64 
 
 
334 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
295 aa  268  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
295 aa  265  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03679  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G05870)  46.81 
 
 
302 aa  259  3e-68  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0128592 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
298 aa  256  4e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  47.83 
 
 
288 aa  255  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
308 aa  254  9e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.99 
 
 
298 aa  252  5.000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  46.21 
 
 
317 aa  252  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
304 aa  252  6e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.5 
 
 
288 aa  252  6e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35800  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  50.37 
 
 
285 aa  251  7e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.02 
 
 
368 aa  251  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.521735  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.23 
 
 
285 aa  250  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.24 
 
 
292 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
300 aa  249  3e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
301 aa  249  3e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
284 aa  249  5e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 
286 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.26 
 
 
288 aa  248  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.95 
 
 
285 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
298 aa  248  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.07 
 
 
297 aa  247  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02280  oxidoreductase, putative  46.92 
 
 
309 aa  246  3e-64  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.878194  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.12 
 
 
305 aa  246  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
339 aa  246  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
285 aa  246  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
285 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
335 aa  245  4.9999999999999997e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  46.21 
 
 
286 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
285 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.89 
 
 
284 aa  245  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.14 
 
 
292 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.04 
 
 
293 aa  244  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>