More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0275 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 283 aa  562  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  58.51 
 
 		 285 aa  322  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.93 
 
 		 283 aa  318  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.67 
 
 		 311 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 		 283 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820059  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.38 
 
 		 284 aa  305  7e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.23 
 
 		 285 aa  291  6e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.67 
 
 		 281 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 		 285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 		 289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  44.33 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.99 
 
 		 769 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.508035  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 		 258 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 258 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  34.4 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 		 344 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 258 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 258 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 258 aa  132  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 		 276 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  35.53 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 256 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 		 256 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 338 aa  129  4.0000000000000003e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  36.01 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 		 270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 		 256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 270 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 256 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 256 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  129  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  33.7 
 
 		 269 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  33.22 
 
 		 283 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 275 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 272 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  33.45 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 		 271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  33.33 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 		 271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  33.69 
 
 		 276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 		 273 aa  125  8.000000000000001e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  34.04 
 
 		 279 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  34.04 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.83 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  36.06 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 		 258 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37020  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.3 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.18 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.69 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 238 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  33.1 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 		 314 aa  118  7.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 285 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  33.45 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 		 278 aa  116  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  33.93 
 
 		 280 aa  115  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>