More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1121 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 256 aa  522  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  97.27 
 
 		 256 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  85.49 
 
 		 258 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  83.14 
 
 		 258 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  82.03 
 
 		 258 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  82.03 
 
 		 258 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  82.03 
 
 		 258 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  78.43 
 
 		 258 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  73.83 
 
 		 256 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  68.63 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  68.63 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  68.63 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  68.24 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  68.63 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 269 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.36 
 
 		 256 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 256 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 269 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 256 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 269 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  68.36 
 
 		 269 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 269 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  68.36 
 
 		 269 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  52.04 
 
 		 279 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  48.71 
 
 		 275 aa  255  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  46.86 
 
 		 275 aa  245  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.89 
 
 		 281 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 		 285 aa  236  4e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  46.84 
 
 		 283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 		 275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 		 277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  46.84 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.39 
 
 		 286 aa  229  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 		 300 aa  229  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  45.22 
 
 		 280 aa  229  4e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 		 290 aa  228  5e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  42.65 
 
 		 275 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.24 
 
 		 282 aa  225  5.0000000000000005e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 		 276 aa  218  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  43.54 
 
 		 277 aa  211  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 		 277 aa  211  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  41.18 
 
 		 277 aa  209  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  42.22 
 
 		 277 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  43.91 
 
 		 284 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 		 271 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  42.54 
 
 		 271 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 280 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 280 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 		 271 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 		 275 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 		 272 aa  188  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 277 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  39.7 
 
 		 275 aa  169  5e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  38.29 
 
 		 273 aa  168  7e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 338 aa  168  7e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  37.08 
 
 		 277 aa  165  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 280 aa  164  9e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 		 278 aa  158  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 		 306 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.19 
 
 		 272 aa  152  4e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  34.46 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 		 300 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 		 287 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  34.73 
 
 		 271 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  34.57 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 314 aa  141  9e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.6 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  44.57 
 
 		 272 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 275 aa  138  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.58 
 
 		 298 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  35.16 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 		 281 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 		 283 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  34.08 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.34 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 		 267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.48 
 
 		 272 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 		 291 aa  135  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 344 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>