More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2528 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  559  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  69.6 
 
 		 277 aa  404  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  70.52 
 
 		 277 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  70.15 
 
 		 277 aa  387  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  62.09 
 
 		 277 aa  357  9e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  61.94 
 
 		 284 aa  348  5e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  61.57 
 
 		 280 aa  342  4e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  61.57 
 
 		 280 aa  342  4e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 		 276 aa  272  6e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  53.93 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  52.21 
 
 		 271 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 		 271 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 		 282 aa  264  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.07 
 
 		 281 aa  259  4e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  45.35 
 
 		 275 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.37 
 
 		 271 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.02 
 
 		 300 aa  254  8e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  44.81 
 
 		 275 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.12 
 
 		 286 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  45.56 
 
 		 275 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.66 
 
 		 290 aa  251  7e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  48.35 
 
 		 277 aa  248  6e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  47.31 
 
 		 275 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.77 
 
 		 285 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 		 275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 		 277 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 		 281 aa  234  9e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  46.59 
 
 		 280 aa  229  5e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  43.54 
 
 		 283 aa  227  1e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  43.17 
 
 		 283 aa  225  6e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 		 286 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.39 
 
 		 272 aa  218  7e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  39.63 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  39.63 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  39.63 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 		 256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 		 256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 		 256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 		 256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 		 256 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  38.75 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 256 aa  181  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 		 269 aa  175  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  36.67 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  36.67 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  36.94 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 		 317 aa  171  9e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  35.93 
 
 		 256 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 		 285 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 		 338 aa  156  4e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 		 280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 		 285 aa  149  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 		 277 aa  148  8e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.61 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 284 aa  145  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  34.21 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  37.18 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  33.7 
 
 		 275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 		 278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  36.09 
 
 		 279 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  37.18 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.71 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 		 300 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 272 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  34.72 
 
 		 270 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  34.34 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 276 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  42.16 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 		 270 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  37.02 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 		 272 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 		 268 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>