More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2249 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 284 aa  567  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.87 
 
 		 283 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820059  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.21 
 
 		 311 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.49 
 
 		 283 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  66.19 
 
 		 285 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.38 
 
 		 283 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55 
 
 		 285 aa  281  6.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 		 279 aa  225  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 		 281 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 285 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  43 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  37.98 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 286 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37020  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.16 
 
 		 279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  34.64 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 		 769 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.508035  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  34.86 
 
 		 270 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 		 270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  34.39 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 273 aa  129  7.000000000000001e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  34.3 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 278 aa  126  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 276 aa  125  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 		 275 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.63 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 		 276 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 		 276 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  34.31 
 
 		 272 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  35.31 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  34.3 
 
 		 276 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  33.61 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.85 
 
 		 267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 		 256 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 258 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 		 272 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.49 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.03 
 
 		 281 aa  116  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  32.73 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  33.68 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  33.33 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 		 281 aa  116  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  32.01 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0945  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 256 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.64 
 
 		 267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  31.45 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  33.7 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13680  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.995121 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  31.5 
 
 		 256 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 		 269 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>