More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0506 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 281 aa  548  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.57 
 
 		 289 aa  248  6e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.67 
 
 		 283 aa  246  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 		 283 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  47.67 
 
 		 285 aa  234  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 		 284 aa  234  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 311 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820059  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 		 285 aa  212  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.89 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 		 338 aa  147  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 		 769 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.508035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  38.65 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 		 278 aa  141  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.97 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  35.86 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 		 272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  34.04 
 
 		 278 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.3 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37020  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  35.76 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 258 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 		 269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 		 280 aa  128  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 277 aa  128  9.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.01 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  37.02 
 
 		 268 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  31.1 
 
 		 276 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 		 285 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 		 238 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 267 aa  123  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  29.93 
 
 		 272 aa  123  4e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 		 256 aa  122  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 		 256 aa  122  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 258 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  33.57 
 
 		 269 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 269 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  33.21 
 
 		 269 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 269 aa  122  8e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 269 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  40.11 
 
 		 268 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 256 aa  122  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  33.57 
 
 		 269 aa  122  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  31.77 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.78 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.82 
 
 		 267 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 273 aa  119  4.9999999999999996e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  33.69 
 
 		 270 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 		 276 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  32.26 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  32.73 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  32.73 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  32.73 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  32.73 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.3 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  32.49 
 
 		 279 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  32.63 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 249 aa  115  5e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  30.11 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 		 271 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 		 271 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 		 271 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 273 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 		 258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  31.85 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  30.42 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.79 
 
 		 272 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 		 266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 270 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>