206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2998 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2998  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 		 100 aa  206  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.126069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  37.65 
 
 		 143 aa  63.9  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03760  hypothetical protein  34.38 
 
 		 1121 aa  60.8  0.000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  36.47 
 
 		 114 aa  58.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  38.67 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  38.1 
 
 		 95 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  34.67 
 
 		 107 aa  57  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  34.62 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  32.89 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  35.71 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  32.53 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  30.67 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  30.59 
 
 		 85 aa  54.3  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  34.72 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  32.94 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  32.91 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  32.91 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  32.94 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  34.62 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  39.44 
 
 		 157 aa  53.9  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  34.62 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  32.47 
 
 		 92 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  32.47 
 
 		 92 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  33.78 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  35.29 
 
 		 176 aa  53.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  34.12 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  36.9 
 
 		 149 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  36.9 
 
 		 155 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  28.75 
 
 		 128 aa  52.8  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  30.59 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  30.67 
 
 		 99 aa  52.8  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  34.12 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  33.77 
 
 		 151 aa  52.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  33.73 
 
 		 121 aa  52  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  29.9 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  32 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  31.33 
 
 		 89 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  33.73 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  36.62 
 
 		 162 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 		 241 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  30.59 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  34.12 
 
 		 137 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  34.21 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  30.59 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  32.26 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_23959  predicted protein  33.77 
 
 		 605 aa  51.2  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  33.33 
 
 		 97 aa  51.6  0.000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  31.4 
 
 		 109 aa  51.2  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  28.12 
 
 		 119 aa  51.2  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34381  predicted protein  32 
 
 		 319 aa  51.2  0.000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.693095  normal  0.168449 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  35.71 
 
 		 151 aa  51.2  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  32.94 
 
 		 123 aa  51.6  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 		 181 aa  50.8  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  34.57 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  32.53 
 
 		 176 aa  51.2  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  30.67 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  32.05 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04665  hypothetical protein  38.89 
 
 		 279 aa  50.8  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0330259  normal  0.410978 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01160  polyadenylate-binding protein, putative  33.33 
 
 		 673 aa  50.8  0.000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  31.08 
 
 		 97 aa  50.4  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  32.05 
 
 		 90 aa  50.4  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  32.53 
 
 		 175 aa  50.4  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  31.08 
 
 		 111 aa  50.1  0.000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  32 
 
 		 104 aa  50.1  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  31.11 
 
 		 98 aa  50.4  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04000  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein)(PABP)(Polyadenylate tail-binding protein) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B630]  38.1 
 
 		 732 aa  50.1  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.175791 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  29.33 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3960  RNP-1 like RNA-binding protein  28.12 
 
 		 195 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000285938  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  33.78 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  32.43 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  32.43 
 
 		 89 aa  50.1  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  30.53 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  29.33 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4045  RNP-1 like RNA-binding protein  28.12 
 
 		 196 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.847138 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  27.78 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  29.73 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  30.86 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  29.73 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  28.24 
 
 		 88 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  27.5 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  29.9 
 
 		 87 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  29.73 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  30.59 
 
 		 148 aa  48.1  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  29.59 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  30.59 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  26.92 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  30.59 
 
 		 150 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  32.43 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  32.89 
 
 		 86 aa  47.8  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  29.03 
 
 		 94 aa  47.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  35.62 
 
 		 147 aa  47.4  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>