More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2769 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  100 
 
 
119 aa  240  6e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  60.98 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  59.76 
 
 
90 aa  107  5e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  56.04 
 
 
98 aa  105  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  50.5 
 
 
115 aa  103  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  58.54 
 
 
89 aa  103  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  57.32 
 
 
90 aa  102  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  56.96 
 
 
90 aa  101  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 
90 aa  100  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  58.44 
 
 
90 aa  100  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  51.69 
 
 
116 aa  100  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  56.82 
 
 
157 aa  99.4  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  57.5 
 
 
162 aa  98.2  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 
82 aa  97.8  4e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  54.88 
 
 
90 aa  98.2  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  58.67 
 
 
90 aa  97.4  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 
114 aa  97.4  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  47.37 
 
 
97 aa  95.1  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  58.44 
 
 
152 aa  94.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  56.41 
 
 
95 aa  94  6e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  57.14 
 
 
151 aa  93.6  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  57.14 
 
 
181 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  55.84 
 
 
122 aa  92  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
148 aa  91.3  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
150 aa  91.3  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  56 
 
 
99 aa  91.3  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  47.31 
 
 
241 aa  91.3  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
108 aa  91.7  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  55.84 
 
 
175 aa  91.3  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  56 
 
 
90 aa  91.3  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  53.25 
 
 
134 aa  90.9  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 
101 aa  90.9  6e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  54.55 
 
 
123 aa  90.9  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  55.84 
 
 
176 aa  90.9  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
155 aa  90.5  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
149 aa  90.5  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 
92 aa  90.5  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 
85 aa  90.5  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 
114 aa  90.1  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  53.25 
 
 
176 aa  90.1  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  51.95 
 
 
95 aa  89  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
124 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
90 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  55.84 
 
 
140 aa  89.4  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  46.32 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  46.32 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  55.13 
 
 
91 aa  87.8  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  53.25 
 
 
121 aa  87.8  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  46.07 
 
 
143 aa  87.8  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  53.25 
 
 
121 aa  87  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  53.16 
 
 
87 aa  87  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
122 aa  86.3  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  50.62 
 
 
146 aa  86.7  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  43.43 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  45.88 
 
 
109 aa  85.9  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
137 aa  85.9  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
104 aa  85.5  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  47.13 
 
 
89 aa  85.5  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  43.88 
 
 
97 aa  85.1  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  44.33 
 
 
99 aa  83.6  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  42 
 
 
101 aa  83.6  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  44.57 
 
 
102 aa  83.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
102 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
102 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  44.57 
 
 
102 aa  82.4  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
86 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  43.82 
 
 
99 aa  81.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
104 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 
125 aa  80.5  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  40.86 
 
 
94 aa  79.7  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
117 aa  79.7  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  42.17 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  43.33 
 
 
94 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  46.34 
 
 
103 aa  79  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  40.4 
 
 
99 aa  78.6  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  43.33 
 
 
94 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  47.37 
 
 
92 aa  78.6  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  41.94 
 
 
98 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  43.37 
 
 
83 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  45.68 
 
 
85 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  43.75 
 
 
107 aa  78.2  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  45.65 
 
 
92 aa  77.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
87 aa  77.8  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  45.65 
 
 
92 aa  77.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  41.05 
 
 
95 aa  77.4  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 
89 aa  77  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  45.16 
 
 
94 aa  76.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
96 aa  76.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  44.19 
 
 
89 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
90 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  37.5 
 
 
128 aa  75.5  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  40.59 
 
 
97 aa  75.9  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  45 
 
 
81 aa  75.9  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  36.26 
 
 
110 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  40.22 
 
 
96 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  46.15 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  41.46 
 
 
103 aa  74.3  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
82 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>