More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0093 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
90 aa  183  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  85.56 
 
 
90 aa  161  3e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  83.33 
 
 
90 aa  155  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  77.78 
 
 
90 aa  149  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  95.56 
 
 
90 aa  147  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  84.81 
 
 
90 aa  142  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  73.33 
 
 
90 aa  137  4.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  70 
 
 
90 aa  136  7e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  70.93 
 
 
89 aa  134  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  81.33 
 
 
99 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  77.78 
 
 
90 aa  127  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  76.92 
 
 
95 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  72.22 
 
 
90 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  61.9 
 
 
101 aa  116  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  58.33 
 
 
85 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  60.98 
 
 
162 aa  108  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  59.52 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  60.98 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  59.76 
 
 
155 aa  105  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  55.95 
 
 
132 aa  103  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  58.54 
 
 
119 aa  103  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  57.32 
 
 
114 aa  102  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  55.95 
 
 
152 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
148 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
150 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  55.95 
 
 
181 aa  102  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  55.95 
 
 
151 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
176 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  57.5 
 
 
82 aa  101  3e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  57.32 
 
 
176 aa  101  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  53.57 
 
 
134 aa  100  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 
146 aa  100  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 
157 aa  100  7e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  57.32 
 
 
175 aa  100  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 
137 aa  100  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  50 
 
 
143 aa  99.4  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  54.22 
 
 
86 aa  98.2  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  52.33 
 
 
92 aa  97.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  53.01 
 
 
87 aa  97.1  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  52.38 
 
 
123 aa  97.1  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  51.25 
 
 
107 aa  96.7  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  55.13 
 
 
91 aa  96.3  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  50.59 
 
 
88 aa  96.3  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  50.53 
 
 
97 aa  93.2  9e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  55.7 
 
 
116 aa  92.8  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
121 aa  92.8  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
87 aa  93.2  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
108 aa  92.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  47.19 
 
 
102 aa  92  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
121 aa  92.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 
88 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
122 aa  91.3  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
122 aa  91.3  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  47.73 
 
 
97 aa  90.5  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
124 aa  90.9  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 
89 aa  90.1  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
99 aa  89.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 
98 aa  90.1  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  46.99 
 
 
109 aa  90.1  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
115 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
105 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  43.33 
 
 
101 aa  88.6  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
88 aa  89  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  46.99 
 
 
103 aa  88.2  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
83 aa  87  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  49.37 
 
 
95 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
88 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  49.41 
 
 
107 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
101 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
102 aa  85.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
88 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  45.12 
 
 
111 aa  85.1  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  84.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
241 aa  84.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  46.34 
 
 
103 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
92 aa  84.3  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  44.58 
 
 
89 aa  84.3  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  45.12 
 
 
102 aa  84.3  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  44.58 
 
 
103 aa  84  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
89 aa  83.6  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
117 aa  83.6  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
92 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
87 aa  82.8  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
92 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  48.1 
 
 
81 aa  83.2  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  44.44 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  47.5 
 
 
85 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  49.33 
 
 
88 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  49.37 
 
 
82 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  41.86 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  44.58 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
207 aa  80.9  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  44.58 
 
 
94 aa  80.5  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>