261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3960 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3960  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
195 aa  369  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000285938  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4045  RNP-1 like RNA-binding protein  76.24 
 
 
196 aa  239  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.847138 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2631  RNA-binding region RNP-1  65.06 
 
 
134 aa  123  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000024713  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2882  RNP-1 like RNA-binding protein  63.44 
 
 
108 aa  122  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.145545  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1253  RNP-1 like RNA-binding protein  66.27 
 
 
134 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000895095  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  66.67 
 
 
107 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0352  RNP-1 like RNA-binding protein  61.73 
 
 
109 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0296626  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  48.84 
 
 
107 aa  88.6  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  43.48 
 
 
102 aa  80.1  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  44.09 
 
 
97 aa  78.2  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  43.02 
 
 
99 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  39.56 
 
 
105 aa  72  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
89 aa  71.6  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
90 aa  71.2  0.000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  43.02 
 
 
98 aa  71.2  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
104 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  37.37 
 
 
102 aa  69.3  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  37.37 
 
 
102 aa  69.3  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  40.23 
 
 
157 aa  68.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  44.32 
 
 
99 aa  69.3  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
90 aa  68.6  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
92 aa  68.6  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
92 aa  68.6  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
101 aa  68.2  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  39.29 
 
 
87 aa  68.2  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
155 aa  67.8  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 
114 aa  67.4  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  43.04 
 
 
103 aa  67.4  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  39.13 
 
 
98 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
102 aa  67.4  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  39.13 
 
 
98 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
89 aa  65.9  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  38.82 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  38.82 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  41.77 
 
 
103 aa  65.5  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  38.3 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  41.77 
 
 
109 aa  64.7  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  41.77 
 
 
103 aa  64.7  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
94 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  37.8 
 
 
90 aa  64.3  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  38.82 
 
 
176 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
85 aa  63.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  37.65 
 
 
151 aa  63.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
94 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07350  translation initiation factor 4B (AFU_orthologue; AFUA_2G16400)  43.75 
 
 
497 aa  63.2  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.628412  normal  0.665628 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
181 aa  63.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
150 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
101 aa  63.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  35.29 
 
 
137 aa  63.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
152 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  37.65 
 
 
134 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
91 aa  63.5  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  41.67 
 
 
86 aa  63.2  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
176 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04865  nucleolin protein Nsr1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07710)  35.8 
 
 
524 aa  63.2  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.046271 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  30.37 
 
 
241 aa  62.8  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  40 
 
 
112 aa  62.8  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  36.47 
 
 
140 aa  62.8  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  38.82 
 
 
132 aa  62.4  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
88 aa  62.4  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  37.97 
 
 
108 aa  62.4  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  42.31 
 
 
114 aa  62  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
175 aa  61.6  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  39.29 
 
 
89 aa  62  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_37626  nuclear localization sequence binding protein  34.62 
 
 
245 aa  60.8  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
111 aa  60.8  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
110 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  38.46 
 
 
95 aa  60.5  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  38.75 
 
 
107 aa  60.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  40.51 
 
 
94 aa  60.1  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0967  RNP-1 like RNA-binding protein  33.72 
 
 
221 aa  60.1  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.191765  normal  0.616153 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
90 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  37.8 
 
 
143 aa  60.1  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
90 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  36.25 
 
 
95 aa  59.3  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04600  single-stranded DNA binding protein, putative  39.24 
 
 
441 aa  59.7  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  39.53 
 
 
116 aa  58.9  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  37.18 
 
 
82 aa  58.9  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  41.56 
 
 
88 aa  58.9  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  44 
 
 
89 aa  58.9  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  33.68 
 
 
92 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_006686  CND01910  conserved hypothetical protein  37.04 
 
 
253 aa  58.2  0.00000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
97 aa  58.2  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
146 aa  58.2  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
96 aa  58.2  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
88 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  39.29 
 
 
88 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
90 aa  57.4  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
99 aa  57.4  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  41.1 
 
 
90 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  43.06 
 
 
160 aa  57.4  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  38.67 
 
 
90 aa  57  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf462  hypothetical lipoprotein  45.56 
 
 
228 aa  57  0.0000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000141923  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
101 aa  56.6  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  37.97 
 
 
90 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  34.15 
 
 
104 aa  56.6  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>