277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2901 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
102 aa  207  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  48.89 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
114 aa  85.9  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  47.62 
 
 
90 aa  83.6  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  44.12 
 
 
98 aa  82.8  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  44.57 
 
 
119 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  48.78 
 
 
114 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  46.07 
 
 
143 aa  82.4  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  43.48 
 
 
92 aa  80.9  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
101 aa  80.5  0.000000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  41.41 
 
 
97 aa  79.3  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  48.75 
 
 
107 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  45.12 
 
 
162 aa  78.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1536  RNP-1 like RNA-binding protein  45.98 
 
 
104 aa  77.4  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217942 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
90 aa  77  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
90 aa  75.5  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  47.56 
 
 
117 aa  75.5  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
85 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
95 aa  73.9  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  40.23 
 
 
108 aa  73.6  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  46.91 
 
 
83 aa  72.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
88 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  42.68 
 
 
157 aa  72.4  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  46.25 
 
 
82 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  45.78 
 
 
88 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  47.3 
 
 
90 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  45.78 
 
 
87 aa  70.9  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  40.21 
 
 
102 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  40.21 
 
 
102 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  43.37 
 
 
86 aa  70.1  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  39.76 
 
 
95 aa  70.1  0.000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  47.3 
 
 
90 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
89 aa  69.3  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  41.46 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
150 aa  68.2  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
148 aa  68.2  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
137 aa  68.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
149 aa  67.8  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
152 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
132 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
155 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  42.5 
 
 
95 aa  67.4  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
181 aa  67  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
175 aa  67  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
96 aa  66.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
115 aa  66.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
91 aa  66.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
92 aa  66.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  39.02 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  40.24 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  35.71 
 
 
250 aa  65.5  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  35.71 
 
 
250 aa  65.5  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  46.15 
 
 
116 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
122 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90501  Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear (Poly(A)-binding protein) (PABP) (ARS consensus binding protein ACBP-67) (Polyadenylate tail-binding protein)  42.86 
 
 
632 aa  65.1  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.528167  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  44 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
104 aa  65.1  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  39.56 
 
 
241 aa  65.1  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  36.9 
 
 
202 aa  65.1  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
87 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3920  RNA-binding protein  39.74 
 
 
78 aa  64.7  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  36.36 
 
 
89 aa  64.7  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  37.21 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
146 aa  63.9  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  39.02 
 
 
140 aa  63.9  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1930  RNA-binding region RNP-1  37.5 
 
 
89 aa  63.9  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  43.24 
 
 
99 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  36.46 
 
 
105 aa  63.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  37.8 
 
 
94 aa  63.5  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  36.25 
 
 
222 aa  63.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
111 aa  62.8  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  34.44 
 
 
99 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  35.23 
 
 
97 aa  63.2  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1450  RNP-1 like RNA-binding protein  39.8 
 
 
110 aa  63.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000575333  unclonable  0.00000561539 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
92 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  39.02 
 
 
123 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
101 aa  62  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  35 
 
 
245 aa  62.4  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
92 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  35.44 
 
 
90 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
99 aa  62.4  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  37.35 
 
 
103 aa  62.4  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  34.94 
 
 
109 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  36.14 
 
 
103 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  35.71 
 
 
196 aa  62.4  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  36.25 
 
 
222 aa  62  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
104 aa  61.6  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
121 aa  62  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
207 aa  62  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
121 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  34.52 
 
 
173 aa  61.6  0.000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
88 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
88 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>