More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0944 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
117 aa  226  6e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  55.95 
 
 
162 aa  102  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  50.93 
 
 
102 aa  99.8  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  50.93 
 
 
102 aa  99.8  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
90 aa  98.6  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  55.95 
 
 
132 aa  97.8  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
157 aa  97.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  56.47 
 
 
89 aa  97.4  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 
89 aa  97.1  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  55.95 
 
 
151 aa  97.1  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  54.76 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  56.63 
 
 
137 aa  95.9  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  54.76 
 
 
176 aa  94.7  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 
148 aa  94.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 
150 aa  94.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
181 aa  94.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 
152 aa  94.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
176 aa  94  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
101 aa  93.6  8e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
98 aa  92.8  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  49.45 
 
 
105 aa  93.2  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  51.81 
 
 
109 aa  93.2  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  44 
 
 
119 aa  93.2  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  48.39 
 
 
99 aa  93.2  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
98 aa  92.8  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 
149 aa  92.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  92  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
90 aa  92  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  55.29 
 
 
86 aa  92  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  52.94 
 
 
175 aa  92.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 
155 aa  92.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 
92 aa  91.3  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 
92 aa  91.3  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  48.39 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 
85 aa  90.9  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  53.09 
 
 
114 aa  90.5  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  54.32 
 
 
122 aa  89.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  49.46 
 
 
94 aa  89.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  49.46 
 
 
94 aa  89.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  48.19 
 
 
90 aa  89  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  50 
 
 
107 aa  88.6  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  48.39 
 
 
115 aa  88.6  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  54.02 
 
 
88 aa  88.2  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  56.41 
 
 
77 aa  88.2  4e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  50 
 
 
112 aa  88.2  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
123 aa  88.2  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  41.84 
 
 
102 aa  87.4  5e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  53.16 
 
 
82 aa  87.8  5e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  51.85 
 
 
95 aa  87.4  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  52.38 
 
 
140 aa  87  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  52.69 
 
 
207 aa  86.3  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  45.74 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  48.78 
 
 
116 aa  86.3  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 
83 aa  86.3  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
121 aa  86.3  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  50.62 
 
 
103 aa  86.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  39.29 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
121 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  46.07 
 
 
95 aa  85.5  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
122 aa  85.1  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  53.09 
 
 
107 aa  84.3  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  50.62 
 
 
103 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
103 aa  84  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  83.6  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  38.64 
 
 
110 aa  83.6  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  44.83 
 
 
94 aa  82.8  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 
104 aa  82.8  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  43.56 
 
 
102 aa  82.4  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
111 aa  82.4  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  48.19 
 
 
182 aa  82  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  46.67 
 
 
99 aa  82  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  44.44 
 
 
90 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  48.05 
 
 
95 aa  81.6  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  49.37 
 
 
98 aa  81.6  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
108 aa  82  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
89 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
104 aa  81.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  49.4 
 
 
84 aa  81.3  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  53.09 
 
 
146 aa  81.3  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 
101 aa  80.9  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  48.19 
 
 
87 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  51.16 
 
 
87 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
241 aa  79.3  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
96 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
90 aa  79  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
90 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
97 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
125 aa  78.2  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
102 aa  76.6  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  45.35 
 
 
107 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
90 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 
92 aa  76.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2631  RNA-binding region RNP-1  44.05 
 
 
134 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000024713  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  41.56 
 
 
90 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  50.62 
 
 
85 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
88 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>