More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1236 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 		 90 aa  183  6e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  80.9 
 
 		 89 aa  149  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  145  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  74.44 
 
 		 90 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  71.11 
 
 		 90 aa  133  7.000000000000001e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  67.78 
 
 		 90 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  74.68 
 
 		 90 aa  123  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  76.62 
 
 		 90 aa  121  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  76 
 
 		 90 aa  118  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  70.51 
 
 		 95 aa  114  6e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  73.33 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  67.53 
 
 		 90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  60.98 
 
 		 119 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  66.67 
 
 		 99 aa  106  9.000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  59.76 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  57.14 
 
 		 101 aa  104  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  62.2 
 
 		 114 aa  104  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 		 85 aa  103  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  61.54 
 
 		 116 aa  100  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 		 86 aa  100  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 		 146 aa  100  8e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  57.5 
 
 		 82 aa  100  9e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 152 aa  99.8  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  55.42 
 
 		 87 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  52.38 
 
 		 151 aa  99.4  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  54.55 
 
 		 97 aa  99.8  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 148 aa  98.6  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 150 aa  98.2  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  52.38 
 
 		 134 aa  98.6  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 		 176 aa  97.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 		 181 aa  97.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 		 157 aa  97.4  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  55.42 
 
 		 109 aa  97.1  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  55.17 
 
 		 97 aa  96.7  9e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 155 aa  96.7  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  54.22 
 
 		 102 aa  96.3  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  52.27 
 
 		 114 aa  96.3  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  51.72 
 
 		 101 aa  96.7  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 		 99 aa  96.3  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  57.5 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 175 aa  95.5  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 176 aa  95.5  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  53.49 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  49.41 
 
 		 88 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 108 aa  94.4  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 		 99 aa  94.4  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 		 92 aa  93.2  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  49.4 
 
 		 89 aa  92  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 		 115 aa  91.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  53.85 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  49.41 
 
 		 88 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 		 98 aa  91.3  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 		 117 aa  90.9  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 122 aa  90.5  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  52.44 
 
 		 160 aa  89.4  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 104 aa  89.4  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  52.33 
 
 		 89 aa  89  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  50.57 
 
 		 101 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  48.81 
 
 		 140 aa  88.2  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 		 89 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 105 aa  87.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  45.24 
 
 		 123 aa  87  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  49.35 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 		 103 aa  86.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  48.19 
 
 		 103 aa  86.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 		 111 aa  85.9  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 		 88 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  53.85 
 
 		 82 aa  84.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  48.19 
 
 		 103 aa  84.3  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  47.5 
 
 		 107 aa  84.7  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  51.9 
 
 		 85 aa  84.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  45.98 
 
 		 88 aa  84  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  48.75 
 
 		 81 aa  84  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  47.56 
 
 		 87 aa  83.6  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 		 121 aa  83.6  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 		 241 aa  83.6  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 83 aa  83.6  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 		 122 aa  83.6  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 		 88 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 		 102 aa  82.8  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  45 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  48.24 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  52.56 
 
 		 149 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  52.56 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  52.56 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  52.56 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>