More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0493 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
88 aa  179  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  72.73 
 
 
88 aa  130  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  63.64 
 
 
88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  60.23 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  57.95 
 
 
88 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  58.75 
 
 
91 aa  107  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  58.62 
 
 
89 aa  107  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  55.68 
 
 
88 aa  105  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 
85 aa  104  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  66.23 
 
 
88 aa  104  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  66.67 
 
 
89 aa  103  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  60 
 
 
87 aa  103  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  55.17 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  58.54 
 
 
83 aa  99.8  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  53.49 
 
 
87 aa  98.6  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  55.68 
 
 
86 aa  97.1  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  52.87 
 
 
87 aa  96.3  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  58.82 
 
 
99 aa  94  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 
101 aa  92.8  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
104 aa  91.7  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  54.88 
 
 
85 aa  90.9  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 
82 aa  90.5  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  58.75 
 
 
99 aa  90.5  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  53.85 
 
 
107 aa  90.1  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  50.62 
 
 
103 aa  89.7  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  49.41 
 
 
90 aa  89.4  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  53.41 
 
 
97 aa  89.7  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
160 aa  89.4  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  50.63 
 
 
82 aa  89  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  49.38 
 
 
89 aa  89  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  51.85 
 
 
95 aa  88.6  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  57.5 
 
 
98 aa  88.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  56.32 
 
 
95 aa  89  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 
102 aa  88.6  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
108 aa  88.2  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  49.37 
 
 
92 aa  88.6  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  54.12 
 
 
196 aa  88.2  3e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 
115 aa  87.8  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  54.12 
 
 
250 aa  87.8  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  54.12 
 
 
250 aa  87.8  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
146 aa  87.8  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
94 aa  87.4  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
101 aa  87.4  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  54.12 
 
 
202 aa  87.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  52.38 
 
 
94 aa  87.4  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  51.81 
 
 
116 aa  87  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  53.75 
 
 
109 aa  87  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  56.25 
 
 
103 aa  86.7  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 
103 aa  86.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  46.51 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  51.9 
 
 
114 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  48.72 
 
 
81 aa  86.3  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  54.43 
 
 
104 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  52.5 
 
 
89 aa  86.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  48.81 
 
 
84 aa  85.5  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 
102 aa  85.5  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 
111 aa  85.5  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  50.59 
 
 
143 aa  85.9  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 
103 aa  84.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 
96 aa  85.1  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  52.56 
 
 
90 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  45.98 
 
 
90 aa  84  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
175 aa  83.6  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  53.16 
 
 
245 aa  83.6  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  83.6  9e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
98 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  43.02 
 
 
90 aa  82.8  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
110 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
98 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
207 aa  82.8  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  49.35 
 
 
77 aa  81.6  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
92 aa  82  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
92 aa  82  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  46.67 
 
 
157 aa  81.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  41.86 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
176 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
98 aa  81.6  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
105 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  51.9 
 
 
222 aa  81.3  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 
114 aa  81.3  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  45.24 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  51.28 
 
 
203 aa  81.3  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  57.5 
 
 
107 aa  80.9  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  49.44 
 
 
97 aa  80.5  0.000000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  56.25 
 
 
101 aa  80.5  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
149 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
102 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  47.3 
 
 
90 aa  79.3  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  48.1 
 
 
222 aa  79.3  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
124 aa  79.7  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
137 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
94 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
102 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
94 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0614  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
101 aa  79.3  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000129522  hitchhiker  0.00000043788 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  51.25 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>