More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1024 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 		 89 aa  181  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  141  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  75.86 
 
 		 88 aa  136  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  72.41 
 
 		 88 aa  134  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  74.39 
 
 		 87 aa  125  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  72.41 
 
 		 88 aa  123  7e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  70.93 
 
 		 86 aa  120  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  66.67 
 
 		 88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  65.52 
 
 		 88 aa  118  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  58.62 
 
 		 87 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  67.53 
 
 		 88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  67.95 
 
 		 89 aa  107  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  58.62 
 
 		 88 aa  107  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 		 85 aa  100  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  55.29 
 
 		 160 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  51.16 
 
 		 87 aa  98.6  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  58.02 
 
 		 146 aa  98.6  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  61.73 
 
 		 107 aa  98.6  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  55.7 
 
 		 91 aa  97.1  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  58.97 
 
 		 85 aa  96.7  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 		 81 aa  96.3  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  53.41 
 
 		 123 aa  95.9  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  53.09 
 
 		 82 aa  95.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  55.06 
 
 		 101 aa  95.1  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  55.95 
 
 		 83 aa  94  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  53.49 
 
 		 99 aa  93.6  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  55.17 
 
 		 94 aa  93.6  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  53.41 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  54.12 
 
 		 196 aa  92.8  1e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  52.87 
 
 		 89 aa  93.2  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  53.66 
 
 		 160 aa  92.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  53.66 
 
 		 109 aa  92.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  51.14 
 
 		 137 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  57.32 
 
 		 99 aa  92  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  52.33 
 
 		 162 aa  91.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  54.12 
 
 		 202 aa  91.7  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  53.66 
 
 		 102 aa  91.3  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 		 103 aa  90.1  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 		 101 aa  89.4  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  51.76 
 
 		 250 aa  89.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  51.76 
 
 		 250 aa  89.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  55.7 
 
 		 103 aa  89.4  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 		 176 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  51.76 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 		 148 aa  87.8  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 		 92 aa  87.8  4e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  53.16 
 
 		 104 aa  87.8  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  49.41 
 
 		 89 aa  87.8  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 		 110 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  52.44 
 
 		 89 aa  87.4  5e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 		 150 aa  87.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  48.84 
 
 		 176 aa  87  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  55.7 
 
 		 99 aa  86.7  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  51.95 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  51.65 
 
 		 97 aa  86.3  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  53.16 
 
 		 245 aa  86.3  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  55.13 
 
 		 105 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  47.73 
 
 		 140 aa  86.7  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  47.73 
 
 		 151 aa  85.9  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  48.84 
 
 		 143 aa  86.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 		 121 aa  86.7  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 		 97 aa  86.3  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 		 122 aa  85.9  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 		 149 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 		 152 aa  85.5  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 		 175 aa  85.9  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  51.22 
 
 		 103 aa  85.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  51.35 
 
 		 99 aa  85.9  2e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  50.6 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  52.38 
 
 		 114 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  45.45 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  51.16 
 
 		 157 aa  85.1  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  53.25 
 
 		 111 aa  85.1  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  55.7 
 
 		 98 aa  84.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  85.5  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 		 181 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  51.9 
 
 		 222 aa  84.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 		 96 aa  84.3  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  52.56 
 
 		 151 aa  84  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 		 90 aa  84  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.31 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 		 92 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 104 aa  84  7e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 		 92 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 		 155 aa  83.6  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 		 155 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  48.72 
 
 		 152 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 		 82 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  50.63 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>