More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1010 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  100 
 
 
95 aa  189  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  65.88 
 
 
134 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  68.24 
 
 
140 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  65.88 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
181 aa  114  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
175 aa  114  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  64.71 
 
 
151 aa  114  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
176 aa  114  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  65.88 
 
 
176 aa  113  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  65.52 
 
 
157 aa  113  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  64.71 
 
 
155 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  64.71 
 
 
149 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
121 aa  113  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  65.88 
 
 
123 aa  113  8.999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
121 aa  113  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  64.71 
 
 
122 aa  113  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  65.88 
 
 
124 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  63.53 
 
 
152 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  62.35 
 
 
148 aa  110  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  60.64 
 
 
102 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  60.64 
 
 
102 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  61.18 
 
 
150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  62.65 
 
 
104 aa  108  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  60 
 
 
115 aa  107  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  61.18 
 
 
137 aa  107  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  56.67 
 
 
116 aa  105  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  55.84 
 
 
108 aa  99.8  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  56.67 
 
 
102 aa  97.4  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  54.35 
 
 
98 aa  97.1  8e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  54.35 
 
 
98 aa  97.1  8e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  58.89 
 
 
89 aa  96.7  9e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  55.84 
 
 
82 aa  96.3  1e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  53.19 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  56.63 
 
 
122 aa  95.5  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  55.43 
 
 
94 aa  95.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  55.43 
 
 
94 aa  95.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  53.49 
 
 
98 aa  95.1  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  51.55 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 
91 aa  94.4  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  94  6e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 
85 aa  94  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 
101 aa  93.6  8e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  56.79 
 
 
103 aa  92.8  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  58.02 
 
 
103 aa  93.2  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  56.47 
 
 
87 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  58.23 
 
 
103 aa  92.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  48.31 
 
 
119 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 
114 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  53.85 
 
 
92 aa  90.9  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  53.85 
 
 
92 aa  90.9  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  53.41 
 
 
99 aa  90.9  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  55.84 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  50.62 
 
 
89 aa  90.1  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  55.7 
 
 
111 aa  90.1  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  57.69 
 
 
182 aa  89.7  1e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 
88 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
114 aa  89.4  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  47.47 
 
 
101 aa  88.6  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  49.38 
 
 
90 aa  89  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  53.49 
 
 
98 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  55.13 
 
 
107 aa  89  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  47.56 
 
 
90 aa  88.6  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  53.26 
 
 
105 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  54.02 
 
 
94 aa  88.2  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  49.4 
 
 
109 aa  87.8  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 
90 aa  87.4  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
90 aa  87.4  7e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  56.63 
 
 
146 aa  87  7e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  54.12 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  46.75 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  49.46 
 
 
207 aa  85.1  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
102 aa  84.7  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  57.14 
 
 
102 aa  84.7  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
95 aa  84.7  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  51.76 
 
 
87 aa  84  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  53.49 
 
 
103 aa  83.6  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  44.94 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  48 
 
 
90 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  52.87 
 
 
101 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  55.26 
 
 
81 aa  83.2  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  47.62 
 
 
103 aa  83.2  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  43.82 
 
 
92 aa  83.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  50.53 
 
 
94 aa  82.8  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  48.05 
 
 
90 aa  82.8  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
88 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
117 aa  82.4  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
99 aa  82  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.33 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  47.95 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
82 aa  80.1  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  46.07 
 
 
95 aa  80.1  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  46.58 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
125 aa  79.7  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  51.85 
 
 
85 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  52.5 
 
 
89 aa  80.1  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
83 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  46.74 
 
 
128 aa  78.6  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>