More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2119 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 		 90 aa  183  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  78.89 
 
 		 89 aa  151  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  145  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  73.33 
 
 		 90 aa  141  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  71.11 
 
 		 90 aa  140  6e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  63.33 
 
 		 90 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  71.11 
 
 		 90 aa  122  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  73.08 
 
 		 95 aa  121  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  69.62 
 
 		 90 aa  120  4e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  70 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  70 
 
 		 90 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  59.52 
 
 		 101 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  66.23 
 
 		 90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  55.56 
 
 		 85 aa  106  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  58.54 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  57.83 
 
 		 87 aa  102  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  57.32 
 
 		 119 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  54.76 
 
 		 143 aa  101  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  53.09 
 
 		 108 aa  100  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  56.25 
 
 		 114 aa  100  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  58.75 
 
 		 114 aa  100  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  53.66 
 
 		 134 aa  100  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 152 aa  100  9e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 181 aa  100  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  53.66 
 
 		 151 aa  99.8  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 149 aa  99.4  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 175 aa  99  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  54.32 
 
 		 82 aa  99  2e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 155 aa  99  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 		 98 aa  98.6  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 176 aa  98.6  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 		 137 aa  97.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  57.33 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  53.01 
 
 		 109 aa  97.1  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 157 aa  95.9  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  51.69 
 
 		 97 aa  96.7  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 		 86 aa  95.5  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  53.09 
 
 		 146 aa  94.7  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 		 104 aa  94.7  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 		 176 aa  94.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  53.01 
 
 		 102 aa  93.6  7e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  49.44 
 
 		 101 aa  93.6  8e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 		 241 aa  92  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  54.43 
 
 		 116 aa  91.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  91.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  50.63 
 
 		 95 aa  91.3  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  48.75 
 
 		 107 aa  91.3  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  49.4 
 
 		 103 aa  90.9  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  52.56 
 
 		 91 aa  90.9  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  48.19 
 
 		 99 aa  90.9  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 		 115 aa  90.1  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 		 105 aa  89.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 		 102 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 		 122 aa  89.4  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  48.78 
 
 		 123 aa  89.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 		 102 aa  89.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 121 aa  89.4  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 121 aa  89.4  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  50.62 
 
 		 103 aa  89  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  48.15 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  54.02 
 
 		 101 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 		 124 aa  88.2  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 		 99 aa  88.2  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  48.78 
 
 		 140 aa  87.8  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 		 111 aa  87.8  5e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 		 99 aa  87.4  5e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  47.56 
 
 		 104 aa  87.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  48.19 
 
 		 103 aa  87.4  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 117 aa  87  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  46.99 
 
 		 89 aa  87  8e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 		 88 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 		 92 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  49.43 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 		 122 aa  86.3  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 		 92 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 		 90 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  44.32 
 
 		 95 aa  85.9  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 		 89 aa  85.9  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  43.82 
 
 		 88 aa  84.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 		 82 aa  84  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 		 85 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 		 89 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 		 102 aa  82.4  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  48 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  46.34 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  41.86 
 
 		 88 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  46.84 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  47.44 
 
 		 81 aa  81.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 		 83 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>