246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMT9312_0013 on replicon NC_007577
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9312



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  100 
 
 
222 aa  397  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  75.91 
 
 
222 aa  211  5.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00121  RNA recognition motif-containing protein  95 
 
 
217 aa  169  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.044748  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  83.72 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  83.72 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  88.75 
 
 
245 aa  161  9e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  82.56 
 
 
202 aa  157  8e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  84.34 
 
 
173 aa  155  5.0000000000000005e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  82.56 
 
 
196 aa  154  7e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  65 
 
 
104 aa  118  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  56.84 
 
 
97 aa  115  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  61.25 
 
 
81 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1059  RNA recognition motif-containing protein  60 
 
 
82 aa  109  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19341  hypothetical protein  60 
 
 
82 aa  109  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.39481  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  62.03 
 
 
95 aa  108  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  60.76 
 
 
95 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  57.5 
 
 
81 aa  102  5e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  50.51 
 
 
99 aa  100  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  49.49 
 
 
99 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  47.37 
 
 
100 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  50 
 
 
96 aa  98.6  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  52.69 
 
 
101 aa  98.2  9e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  52.63 
 
 
94 aa  97.4  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  52.69 
 
 
95 aa  95.5  5e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  52.38 
 
 
104 aa  95.5  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.57 
 
 
98 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  52.94 
 
 
109 aa  93.6  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  47.57 
 
 
98 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  56.18 
 
 
89 aa  92.8  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
99 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 
103 aa  92.8  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  51.11 
 
 
102 aa  92  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
111 aa  90.9  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  47.47 
 
 
98 aa  90.5  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  50.56 
 
 
101 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 
90 aa  89.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
105 aa  89.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 
97 aa  89  5e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
96 aa  88.6  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
110 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  50.57 
 
 
90 aa  87.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
92 aa  87  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
92 aa  87  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  52.5 
 
 
103 aa  85.5  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
97 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
102 aa  83.2  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  47.25 
 
 
94 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  47.25 
 
 
94 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  48.75 
 
 
103 aa  81.3  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
89 aa  78.2  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  86.96 
 
 
203 aa  77.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  50.63 
 
 
107 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  37.76 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  51.16 
 
 
88 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  54.67 
 
 
88 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
148 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
150 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  52.5 
 
 
107 aa  73.2  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  43.18 
 
 
143 aa  73.2  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  42.16 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  42.16 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2851  RNP-1 like RNA-binding protein  49.41 
 
 
97 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  45.05 
 
 
98 aa  72.4  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  40.38 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
108 aa  71.6  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
152 aa  71.6  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  50.57 
 
 
87 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.12 
 
 
85 aa  70.1  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  43.53 
 
 
84 aa  69.7  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  45.45 
 
 
134 aa  69.3  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  44.05 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  46.75 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 
88 aa  68.9  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  40.7 
 
 
114 aa  69.3  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
88 aa  68.9  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  43.59 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 
102 aa  68.6  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  41.86 
 
 
89 aa  68.6  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
155 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  43.53 
 
 
140 aa  67.8  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
149 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
89 aa  67.4  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
122 aa  67  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
88 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
88 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  36.36 
 
 
90 aa  67  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
181 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  48.1 
 
 
77 aa  66.2  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  44.05 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
87 aa  66.2  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  37.93 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  45.45 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10941  heterogeneous nuclear ribonucleoprotein HRP1 (AFU_orthologue; AFUA_2G06090)  40.51 
 
 
559 aa  65.9  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.210274  normal  0.500661 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
82 aa  65.9  0.0000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  44.16 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  41.86 
 
 
89 aa  65.5  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04865  nucleolin protein Nsr1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07710)  42.68 
 
 
524 aa  65.1  0.0000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.046271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>