More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3486 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
155 aa  279  8.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
149 aa  184  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  94.38 
 
 
181 aa  172  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  89.89 
 
 
152 aa  169  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  89.89 
 
 
132 aa  168  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  90.91 
 
 
151 aa  168  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  94.51 
 
 
176 aa  167  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  86.52 
 
 
150 aa  166  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  89.89 
 
 
176 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  85.39 
 
 
148 aa  164  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  86.52 
 
 
134 aa  164  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  93.1 
 
 
175 aa  163  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  84.27 
 
 
140 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  85.71 
 
 
121 aa  155  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  85.23 
 
 
121 aa  154  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  83.15 
 
 
124 aa  154  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  86.05 
 
 
162 aa  152  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  73.58 
 
 
102 aa  152  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  73.58 
 
 
102 aa  152  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  81.82 
 
 
123 aa  152  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  77.53 
 
 
137 aa  150  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  81.4 
 
 
157 aa  147  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  79.31 
 
 
122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  61.9 
 
 
115 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  65.48 
 
 
116 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  65.06 
 
 
95 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  62.65 
 
 
104 aa  107  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  55.95 
 
 
90 aa  104  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  57.14 
 
 
89 aa  103  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
90 aa  101  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  58.44 
 
 
90 aa  102  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  57.14 
 
 
90 aa  100  7e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 
90 aa  99  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  57.32 
 
 
114 aa  99.4  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 
90 aa  97.4  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  41.13 
 
 
241 aa  97.1  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  53.49 
 
 
87 aa  97.1  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  56 
 
 
90 aa  96.7  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  55.84 
 
 
82 aa  96.7  1e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  55.26 
 
 
95 aa  95.1  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  51.14 
 
 
88 aa  94.4  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 
82 aa  94.4  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 
85 aa  94  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
114 aa  93.6  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  54.55 
 
 
119 aa  93.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  55 
 
 
85 aa  92.8  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
87 aa  92  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  51.95 
 
 
108 aa  92.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 
146 aa  92  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  57.53 
 
 
90 aa  92.8  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 
101 aa  92  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  57.53 
 
 
90 aa  91.3  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  49.33 
 
 
90 aa  90.5  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  48.45 
 
 
99 aa  90.1  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  57.53 
 
 
99 aa  90.1  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
88 aa  89.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  48.86 
 
 
97 aa  89  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  47.67 
 
 
143 aa  89.4  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  44.09 
 
 
97 aa  88.6  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  50 
 
 
107 aa  87.8  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  51.25 
 
 
89 aa  87  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  53.95 
 
 
81 aa  87  8e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
86 aa  86.3  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 
91 aa  87  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  48.81 
 
 
103 aa  86.7  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
92 aa  86.3  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
122 aa  85.1  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  52.87 
 
 
117 aa  85.5  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
102 aa  85.1  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
88 aa  84.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  45.45 
 
 
196 aa  84.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 
125 aa  84.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 
92 aa  84.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 
92 aa  84.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
89 aa  84.3  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
88 aa  84.3  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  47.62 
 
 
105 aa  84  6e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.644837 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
99 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  49.38 
 
 
89 aa  84  8e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
88 aa  83.6  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  43.16 
 
 
101 aa  82.8  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 
89 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  42.86 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0508  nicotinate phosphoribosyltransferase  56.92 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  43.01 
 
 
98 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  45.56 
 
 
105 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  43.01 
 
 
98 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
103 aa  82  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 
98 aa  81.6  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
83 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  52.56 
 
 
182 aa  81.3  0.000000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  48.35 
 
 
87 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  46.84 
 
 
103 aa  80.9  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 
103 aa  80.5  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
103 aa  80.1  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  44.05 
 
 
112 aa  80.1  0.000000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  49.37 
 
 
107 aa  79.7  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  48.31 
 
 
88 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>