More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1471 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 		 104 aa  202  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  62.92 
 
 		 157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  61.17 
 
 		 102 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  61.17 
 
 		 102 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  62.79 
 
 		 162 aa  110  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  61.63 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  61.63 
 
 		 155 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  61.63 
 
 		 137 aa  108  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  62.65 
 
 		 95 aa  107  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  61.63 
 
 		 181 aa  107  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  56.12 
 
 		 115 aa  106  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  60.47 
 
 		 175 aa  105  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  60.47 
 
 		 176 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  60.47 
 
 		 176 aa  105  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  59.3 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  59.3 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  59.3 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  58.14 
 
 		 134 aa  103  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  59.3 
 
 		 132 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  58.14 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  59.3 
 
 		 124 aa  101  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  58.14 
 
 		 121 aa  100  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  58.14 
 
 		 140 aa  100  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  58.14 
 
 		 121 aa  100  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  59.49 
 
 		 82 aa  97.8  4e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 		 101 aa  97.8  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  55.81 
 
 		 122 aa  97.4  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  53.66 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  55.81 
 
 		 123 aa  97.1  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  55.95 
 
 		 122 aa  96.3  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 		 108 aa  95.9  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  49.5 
 
 		 116 aa  94.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 89 aa  94.4  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  59.52 
 
 		 146 aa  94  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  55.56 
 
 		 85 aa  94  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  50.6 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 		 88 aa  91.7  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  51.76 
 
 		 87 aa  92  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  44.09 
 
 		 97 aa  90.5  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 		 91 aa  89.7  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 		 99 aa  89.4  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  48.94 
 
 		 119 aa  89.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 99 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  52.94 
 
 		 88 aa  88.2  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 		 103 aa  87.8  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  45.16 
 
 		 101 aa  87.8  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 		 114 aa  87.4  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  48.42 
 
 		 98 aa  87.4  7e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  46.43 
 
 		 102 aa  87  7e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  53.95 
 
 		 95 aa  87  8e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 		 87 aa  87  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  48.75 
 
 		 103 aa  86.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 		 207 aa  86.3  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  42.71 
 
 		 98 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 		 82 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  48.15 
 
 		 103 aa  85.9  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  48.15 
 
 		 107 aa  85.9  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  47.44 
 
 		 107 aa  85.1  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  47.62 
 
 		 89 aa  85.1  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  47.44 
 
 		 112 aa  85.1  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 		 241 aa  84.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 83 aa  84.3  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 		 89 aa  84.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  55.13 
 
 		 81 aa  84.3  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  48.81 
 
 		 103 aa  84.3  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  48.05 
 
 		 90 aa  84  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 		 102 aa  84  7e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  44.79 
 
 		 94 aa  83.6  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  44.79 
 
 		 94 aa  83.6  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  45 
 
 		 111 aa  82.8  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  45.78 
 
 		 109 aa  83.2  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.67 
 
 		 88 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 98 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  47.56 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 98 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  45.98 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  51.9 
 
 		 85 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  48.81 
 
 		 89 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  82  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  48.15 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0482  HIT family protein  56.92 
 
 		 65 aa  80.5  0.000000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.417177  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 		 86 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 		 117 aa  79.7  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.33 
 
 		 90 aa  80.1  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  47.67 
 
 		 97 aa  79  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 		 92 aa  79.3  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0508  nicotinate phosphoribosyltransferase  53.85 
 
 		 65 aa  77.8  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  43.82 
 
 		 105 aa  77.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  42.53 
 
 		 94 aa  77.4  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  41.67 
 
 		 96 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  41.38 
 
 		 143 aa  77  0.00000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  47.5 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  47.95 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>