More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0627 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  100 
 
 
97 aa  196  9e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  53.68 
 
 
90 aa  105  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  60.23 
 
 
87 aa  98.6  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  55.17 
 
 
90 aa  96.7  9e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 
114 aa  95.9  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  47.37 
 
 
119 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  58.14 
 
 
85 aa  94.4  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  59.49 
 
 
91 aa  94.4  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  51.76 
 
 
162 aa  90.5  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  48.42 
 
 
90 aa  90.1  8e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
152 aa  89.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
108 aa  89.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
88 aa  90.1  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  50.57 
 
 
122 aa  89.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  58.02 
 
 
83 aa  89.4  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  51.95 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
176 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  49.47 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
149 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  51.76 
 
 
157 aa  89.4  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  48.86 
 
 
123 aa  89  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
89 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
150 aa  88.2  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  51.65 
 
 
90 aa  88.2  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
132 aa  87.8  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  48.86 
 
 
151 aa  87.8  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 
122 aa  87.8  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
181 aa  87.8  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
146 aa  87.4  6e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  52.33 
 
 
101 aa  87.4  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  50.59 
 
 
97 aa  87.4  6e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
155 aa  87.4  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
90 aa  87  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
86 aa  86.7  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  51.65 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
148 aa  86.7  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  52.27 
 
 
88 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  51.14 
 
 
88 aa  86.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  49.43 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  46.32 
 
 
102 aa  86.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
116 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  54.22 
 
 
95 aa  85.5  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  48.28 
 
 
176 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  51.16 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  47.73 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  51.35 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
124 aa  85.1  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
90 aa  85.1  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  43.96 
 
 
114 aa  84.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
121 aa  84.3  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
175 aa  84  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
121 aa  84  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  46.59 
 
 
134 aa  84  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  51.35 
 
 
90 aa  84  7e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  52.38 
 
 
109 aa  83.6  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  44.32 
 
 
143 aa  83.6  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  54.43 
 
 
85 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 
92 aa  83.2  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
137 aa  83.2  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  50 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  51.69 
 
 
87 aa  83.2  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
101 aa  83.2  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  45.26 
 
 
95 aa  82.4  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  51.22 
 
 
160 aa  82  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  44.68 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  47.5 
 
 
104 aa  81.3  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 
87 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  50.56 
 
 
89 aa  80.9  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  52.56 
 
 
151 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  49.44 
 
 
88 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  49.38 
 
 
82 aa  79.7  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  41.41 
 
 
102 aa  79.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
89 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  49.44 
 
 
88 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
147 aa  79  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
103 aa  78.2  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 
154 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 
154 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
125 aa  78.2  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 
154 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 
154 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
241 aa  77.4  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
152 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  46.99 
 
 
103 aa  77.4  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
94 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
94 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
104 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  51.28 
 
 
149 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
89 aa  77.4  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
98 aa  77  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  47.62 
 
 
104 aa  77  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 
153 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
103 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  46.99 
 
 
115 aa  76.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
88 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  47.19 
 
 
154 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  46.99 
 
 
103 aa  75.9  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>