229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1450 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1450  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
110 aa  226  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000575333  unclonable  0.00000561539 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  47.73 
 
 
90 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  48.05 
 
 
95 aa  77.4  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  75.9  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
90 aa  75.5  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  47.3 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  47.3 
 
 
90 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
89 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  38.14 
 
 
119 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  42.86 
 
 
90 aa  68.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
90 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  40.26 
 
 
114 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
108 aa  67.8  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  42.11 
 
 
107 aa  67.4  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  39.29 
 
 
99 aa  67  0.00000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  40.48 
 
 
101 aa  67  0.00000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  35 
 
 
102 aa  65.5  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  40.79 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  41.56 
 
 
82 aa  65.5  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
122 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
89 aa  64.3  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
101 aa  63.5  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
92 aa  62.8  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  39.8 
 
 
102 aa  63.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
137 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1324  RNA-binding protein  38.16 
 
 
107 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
102 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
114 aa  62.4  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
102 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
85 aa  61.6  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
149 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
155 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  38.16 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  32.95 
 
 
105 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
132 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  38.1 
 
 
88 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  36.59 
 
 
103 aa  60.8  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
157 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  39.74 
 
 
95 aa  60.8  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
94 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
104 aa  60.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  36.36 
 
 
99 aa  60.5  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  40.79 
 
 
151 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  34.12 
 
 
143 aa  60.5  0.000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
152 aa  60.8  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
91 aa  60.5  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  35.16 
 
 
97 aa  60.5  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  39.47 
 
 
176 aa  60.1  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
181 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
176 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1536  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
104 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217942 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
83 aa  59.3  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  37.66 
 
 
103 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  36.84 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  35.9 
 
 
85 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
92 aa  58.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  38.16 
 
 
107 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
148 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
175 aa  58.9  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
150 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
111 aa  58.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  36.84 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  34.21 
 
 
97 aa  56.2  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_23959  predicted protein  33.33 
 
 
605 aa  56.6  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
98 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  35.06 
 
 
81 aa  57  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
98 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  33.98 
 
 
241 aa  55.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
104 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
87 aa  55.5  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2631  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000024713  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  35.06 
 
 
87 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  34.78 
 
 
207 aa  55.1  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  32.29 
 
 
97 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  37.65 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  32.56 
 
 
99 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  34.21 
 
 
122 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  36 
 
 
182 aa  54.7  0.0000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  32.53 
 
 
109 aa  55.1  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  32.94 
 
 
89 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 
88 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  34.12 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  33.72 
 
 
94 aa  54.7  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 
99 aa  54.7  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
124 aa  54.3  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  37.33 
 
 
83 aa  54.3  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  31.87 
 
 
89 aa  53.9  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
88 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
146 aa  53.5  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  35.06 
 
 
160 aa  52.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  31.71 
 
 
103 aa  53.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  36.84 
 
 
116 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  35.23 
 
 
115 aa  53.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>