244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3920 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3920  RNA-binding protein  100 
 
 		 78 aa  157  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1536  RNP-1 like RNA-binding protein  61.54 
 
 		 104 aa  100  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.217942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  57.69 
 
 		 83 aa  98.2  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07101  hypothetical protein  67.95 
 
 		 88 aa  93.6  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  57.69 
 
 		 89 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0571  putative RNA binding protein  57.69 
 
 		 78 aa  92  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1930  RNA-binding region RNP-1  53.85 
 
 		 89 aa  91.3  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001021  RNA-binding protein  62.82 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  38.46 
 
 		 89 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  37.18 
 
 		 90 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 		 101 aa  67  0.00000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  43.55 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  36.49 
 
 		 90 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  40.26 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 		 102 aa  64.7  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 		 92 aa  64.7  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  36.36 
 
 		 182 aa  63.9  0.0000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  41.27 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  41.27 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  35.9 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  40.26 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  35.14 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  38.96 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 		 88 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  34.62 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  38.46 
 
 		 85 aa  62  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  33.33 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 		 241 aa  60.5  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  35.9 
 
 		 100 aa  60.5  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  34.62 
 
 		 104 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  41.94 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  35.06 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  40.3 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  39.74 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 		 101 aa  58.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  41.94 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  34.62 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  34.62 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  34.62 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  38.71 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  30.77 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  36.36 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  34.62 
 
 		 105 aa  57.4  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  35.9 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  35.9 
 
 		 95 aa  57  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  36.36 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 		 98 aa  57  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 		 88 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 		 157 aa  57  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  30.67 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  36.51 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  39.47 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  32.47 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  35.06 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  34.62 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 		 155 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  48.21 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  40.32 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  34.62 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  38.36 
 
 		 88 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  36.36 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  35.06 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19341  hypothetical protein  32.05 
 
 		 82 aa  54.7  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.39481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1059  RNA recognition motif-containing protein  32.05 
 
 		 82 aa  54.7  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  32.47 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  35.9 
 
 		 250 aa  54.3  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  36.84 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 		 87 aa  54.3  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  40.32 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  38.46 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  35.9 
 
 		 250 aa  54.3  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  34.62 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  40.32 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  39.74 
 
 		 155 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  37.1 
 
 		 151 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03760  hypothetical protein  40.79 
 
 		 1121 aa  53.9  0.0000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>