More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0980 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
81 aa  167  4e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  85.19 
 
 
81 aa  145  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  72.5 
 
 
104 aa  122  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  72.84 
 
 
100 aa  122  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  69.14 
 
 
97 aa  121  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19341  hypothetical protein  68.75 
 
 
82 aa  120  9e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.39481  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1059  RNA recognition motif-containing protein  68.75 
 
 
82 aa  120  9e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  69.62 
 
 
95 aa  114  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  68.35 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  62.5 
 
 
96 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
222 aa  103  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  55 
 
 
173 aa  102  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
250 aa  102  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
250 aa  102  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  57.5 
 
 
222 aa  102  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00121  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 
217 aa  101  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.044748  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  55 
 
 
245 aa  101  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  56.96 
 
 
203 aa  99.4  1e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  53.75 
 
 
202 aa  99.8  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 
196 aa  99.4  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  53.75 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
102 aa  90.9  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
104 aa  90.5  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
92 aa  90.1  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
92 aa  90.1  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 
89 aa  88.6  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  47.5 
 
 
103 aa  87  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  49.37 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  48.75 
 
 
103 aa  86.7  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
109 aa  85.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
94 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  46.25 
 
 
99 aa  84  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  45 
 
 
103 aa  83.2  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
101 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  45 
 
 
102 aa  82.4  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
111 aa  82  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  43.21 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
99 aa  81.6  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  47.5 
 
 
95 aa  81.6  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  45 
 
 
105 aa  81.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
98 aa  79.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
98 aa  79.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
96 aa  78.2  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
89 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  43.59 
 
 
182 aa  77.4  0.00000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  44.16 
 
 
90 aa  77  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
85 aa  77  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
94 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
94 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  45 
 
 
90 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  46.25 
 
 
107 aa  75.9  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
104 aa  74.7  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
90 aa  74.7  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  43.59 
 
 
157 aa  73.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  45 
 
 
102 aa  73.9  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
97 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
108 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
90 aa  72.8  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
91 aa  72.4  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
101 aa  72.4  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  46.84 
 
 
85 aa  72  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  42.5 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
90 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  42.86 
 
 
97 aa  71.6  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1274  glycine-rich RNA-binding protein  38.67 
 
 
112 aa  71.6  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000837257  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1332  RNA-binding protein  38.67 
 
 
107 aa  71.2  0.000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  5.534120000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  71.2  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  43.04 
 
 
87 aa  71.2  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
82 aa  70.5  0.000000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
122 aa  70.5  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
102 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
102 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  38.46 
 
 
162 aa  69.7  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  42.31 
 
 
107 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  42.31 
 
 
77 aa  69.7  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
82 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
83 aa  68.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  39.74 
 
 
116 aa  68.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  43.04 
 
 
89 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  38.46 
 
 
115 aa  67.8  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  37.5 
 
 
119 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
114 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
88 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
149 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
90 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
90 aa  67.4  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
148 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
132 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  40.7 
 
 
143 aa  66.6  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 
146 aa  65.9  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
125 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  35 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  36.36 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>