297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_0014 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  100 
 
 		 173 aa  320  4e-87  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  73.47 
 
 		 196 aa  198  3e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  70.45 
 
 		 202 aa  169  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  87.21 
 
 		 250 aa  164  5e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  87.5 
 
 		 250 aa  164  8e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  88.75 
 
 		 245 aa  154  8e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  85 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  82.5 
 
 		 222 aa  147  6e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  86.08 
 
 		 203 aa  147  7e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  61.25 
 
 		 104 aa  119  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  56.25 
 
 		 97 aa  111  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19341  hypothetical protein  56.1 
 
 		 82 aa  109  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.39481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1059  RNA recognition motif-containing protein  56.1 
 
 		 82 aa  109  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  58.23 
 
 		 95 aa  109  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  57.5 
 
 		 81 aa  109  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  56.96 
 
 		 95 aa  109  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  49.49 
 
 		 99 aa  104  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 		 81 aa  103  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  49.43 
 
 		 96 aa  102  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  51.02 
 
 		 101 aa  102  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 		 104 aa  101  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  47.17 
 
 		 105 aa  101  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  54.44 
 
 		 94 aa  100  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  50.54 
 
 		 99 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  56.25 
 
 		 99 aa  100  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  52.63 
 
 		 95 aa  100  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  49.47 
 
 		 98 aa  99.4  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  56.25 
 
 		 103 aa  99.4  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  45.26 
 
 		 100 aa  99.4  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  48.48 
 
 		 102 aa  99  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.47 
 
 		 98 aa  98.6  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  47.47 
 
 		 98 aa  98.6  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  55 
 
 		 109 aa  96.7  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  50.56 
 
 		 96 aa  96.7  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  47.47 
 
 		 97 aa  96.3  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 110 aa  95.5  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  54.44 
 
 		 89 aa  95.5  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 111 aa  94.4  7e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 		 90 aa  94.4  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  53.75 
 
 		 101 aa  91.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  48.31 
 
 		 94 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  54.02 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  48.31 
 
 		 94 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  52.5 
 
 		 103 aa  90.5  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  47.25 
 
 		 97 aa  90.5  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 		 102 aa  88.6  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  87.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  87.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  48.75 
 
 		 103 aa  87  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 		 89 aa  87  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  43.18 
 
 		 143 aa  84  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 		 150 aa  81.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 		 85 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  50.59 
 
 		 88 aa  80.9  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 102 aa  80.5  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 102 aa  80.5  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2851  RNP-1 like RNA-binding protein  51.65 
 
 		 97 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 		 152 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  44.05 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 		 107 aa  79  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  50.59 
 
 		 88 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  44.05 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  35.92 
 
 		 241 aa  77.8  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  46.84 
 
 		 107 aa  77  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 		 87 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  52.5 
 
 		 102 aa  76.3  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 		 86 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 		 114 aa  76.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  41.67 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  48.24 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 		 88 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 		 87 aa  75.9  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  41.46 
 
 		 162 aa  75.5  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 		 88 aa  74.7  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  42.5 
 
 		 82 aa  75.1  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  39.08 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  40.62 
 
 		 115 aa  74.3  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 		 89 aa  73.9  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  42.68 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  43.18 
 
 		 98 aa  73.6  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  44.05 
 
 		 84 aa  73.6  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  38.37 
 
 		 90 aa  73.6  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  46.15 
 
 		 77 aa  73.6  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 		 90 aa  73.6  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  52 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  41.46 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  40.48 
 
 		 123 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  38.1 
 
 		 90 aa  73.2  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  42.35 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  43.75 
 
 		 114 aa  72.4  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  38.37 
 
 		 89 aa  72  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  42.86 
 
 		 87 aa  72  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  45.45 
 
 		 97 aa  71.6  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>