94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3455 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3455  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 175 aa  355  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4243  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  73.71 
 
 		 175 aa  278  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1168  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ subunit, putative  72 
 
 		 175 aa  267  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.361729  normal  0.0264613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1202  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  72 
 
 		 175 aa  267  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1050  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ subunit, putative  68.57 
 
 		 175 aa  260  8e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.188481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0899  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  68 
 
 		 175 aa  258  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1186  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  70.29 
 
 		 175 aa  258  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00496459  normal  0.115693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3302  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  59.88 
 
 		 175 aa  224  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1113  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  54.02 
 
 		 183 aa  177  8e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2497  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  46.01 
 
 		 168 aa  154  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2400  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  46.01 
 
 		 168 aa  154  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000887899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1686  TRAP transporter DctQ-like membrane protein  46.01 
 
 		 168 aa  154  9e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00716632  normal  0.0339689 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0386  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  45.45 
 
 		 168 aa  153  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5743  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  47.26 
 
 		 170 aa  153  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.991204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3875  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  45.4 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0870629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0343  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  44.16 
 
 		 168 aa  150  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0234  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.3 
 
 		 164 aa  88.6  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.224777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4747  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.86 
 
 		 186 aa  82.4  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331023  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.67 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103028  normal  0.59177 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2410  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.67 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.932493  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  27.67 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  33.33 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.67 
 
 		 183 aa  62  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.38 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00467009  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2593  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.88 
 
 		 183 aa  58.9  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480245  normal  0.0803761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4869  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  35 
 
 		 159 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120214  normal  0.368894 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.56 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.69 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1797  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ (4TM)subunit  33.75 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107972  hitchhiker  0.000251501 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  29.53 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5980  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.62 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223945  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.85 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3367  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.63 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2953  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.43 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1267  aspartate kinase, monofunctional class  27.64 
 
 		 172 aa  53.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457772  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5662  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.42 
 
 		 190 aa  52  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.652959  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6027  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.42 
 
 		 190 aa  52  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3901  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.8 
 
 		 173 aa  51.2  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.507253  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5884  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.03 
 
 		 192 aa  51.2  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.868639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0408  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.98 
 
 		 175 aa  51.2  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0134  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  30.88 
 
 		 163 aa  51.2  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0100205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0957  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.68 
 
 		 173 aa  51.2  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.614161 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.83 
 
 		 190 aa  50.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.328098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1594  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.41 
 
 		 184 aa  50.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.974575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.62 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6124  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.62 
 
 		 192 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0246328 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7435  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.68 
 
 		 190 aa  49.7  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.808455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3106  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.61 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0203731  normal  0.935369 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 170 aa  49.3  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3705  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.88 
 
 		 165 aa  49.3  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.37 
 
 		 156 aa  48.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.47 
 
 		 164 aa  47.8  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07670  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  29.66 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0661  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.01 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.06 
 
 		 156 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.16 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.67 
 
 		 170 aa  46.2  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.325039 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1376  hypothetical protein  28.95 
 
 		 173 aa  46.2  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.83 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.514698  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3219  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.74 
 
 		 176 aa  44.7  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.24 
 
 		 171 aa  44.7  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2279  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.86 
 
 		 170 aa  44.7  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.83 
 
 		 164 aa  44.7  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0475394  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0423  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.03 
 
 		 155 aa  44.3  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0316304 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.85 
 
 		 158 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.918417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5222  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  37.5 
 
 		 634 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8627  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  29.41 
 
 		 643 aa  44.3  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4676  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  22.64 
 
 		 158 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2136  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.17 
 
 		 245 aa  43.9  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.41 
 
 		 241 aa  43.5  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0499  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.03 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.701634  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 180 aa  42.4  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0771  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.03 
 
 		 171 aa  42.7  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3762  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.52 
 
 		 168 aa  42.4  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736522  decreased coverage  0.00483087 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  24.79 
 
 		 170 aa  42.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.4 
 
 		 191 aa  42.4  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.01 
 
 		 158 aa  42.4  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1549  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component-like  25.29 
 
 		 174 aa  42  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.170274  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1870  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.85 
 
 		 164 aa  42.4  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2210  C4-dicarboxylate transporter, putative  24.17 
 
 		 213 aa  42.4  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.05 
 
 		 241 aa  42  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.65 
 
 		 151 aa  42.4  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.51 
 
 		 230 aa  42  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.82 
 
 		 164 aa  42  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3364  hypothetical protein  24.65 
 
 		 206 aa  42  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.54 
 
 		 171 aa  42  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.94 
 
 		 195 aa  41.6  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3296  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.44 
 
 		 164 aa  41.6  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.05 
 
 		 241 aa  41.6  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.6 
 
 		 155 aa  41.2  0.007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15190  hypothetical protein  32.79 
 
 		 164 aa  40.8  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.226152  hitchhiker  0.0000006863 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>