79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1723 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  100 
 
 		 162 aa  323  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00467009  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2593  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  92.59 
 
 		 183 aa  306  5.9999999999999995e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480245  normal  0.0803761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  54.72 
 
 		 181 aa  176  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3106  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  55.28 
 
 		 162 aa  157  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0203731  normal  0.935369 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1594  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  55 
 
 		 184 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.974575 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3367  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  47.06 
 
 		 187 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4747  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  38.61 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.331023  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0234  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.1 
 
 		 164 aa  100  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.224777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.86 
 
 		 177 aa  96.7  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6124  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.24 
 
 		 192 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0246328 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5884  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.55 
 
 		 192 aa  93.6  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.868639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5980  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.1 
 
 		 189 aa  93.2  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223945  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4869  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.9 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120214  normal  0.368894 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7435  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.8 
 
 		 190 aa  90.1  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.808455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1797  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ (4TM)subunit  36.92 
 
 		 156 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107972  hitchhiker  0.000251501 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.51 
 
 		 190 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.328098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5662  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.22 
 
 		 190 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.652959  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6027  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.22 
 
 		 190 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  36 
 
 		 181 aa  87  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36 
 
 		 181 aa  87  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103028  normal  0.59177 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2410  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.62 
 
 		 181 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.932493  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.03 
 
 		 192 aa  77.8  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5743  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  31.88 
 
 		 170 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.991204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4243  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.67 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376874  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1050  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ subunit, putative  26.35 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.188481  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1168  TRAP dicarboxylate transporter, DctQ subunit, putative  26.75 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.361729  normal  0.0264613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1202  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.75 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3302  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.89 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0899  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.275981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07670  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  29.46 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.49 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1186  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.11 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00496459  normal  0.115693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3455  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.38 
 
 		 175 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.57 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1376  hypothetical protein  27.82 
 
 		 173 aa  57  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3875  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.64 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0870629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0343  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.72 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0386  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.16 
 
 		 168 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2497  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.44 
 
 		 168 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2400  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  22.44 
 
 		 168 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000887899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1686  TRAP transporter DctQ-like membrane protein  22.44 
 
 		 168 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00716632  normal  0.0339689 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.69 
 
 		 176 aa  51.2  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2953  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.71 
 
 		 188 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2136  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.52 
 
 		 245 aa  48.5  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0089  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.87 
 
 		 188 aa  48.1  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0122  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.87 
 
 		 623 aa  47  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0957  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.61 
 
 		 173 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.614161 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.67 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1267  aspartate kinase, monofunctional class  26.87 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457772  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.45 
 
 		 171 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.89 
 
 		 632 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.92 
 
 		 156 aa  45.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1113  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.84 
 
 		 183 aa  45.4  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296573 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  25.71 
 
 		 164 aa  45.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  19.26 
 
 		 159 aa  44.3  0.0006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.78 
 
 		 164 aa  44.3  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.91 
 
 		 241 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  26.67 
 
 		 178 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.5 
 
 		 162 aa  42.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.514698  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.32 
 
 		 230 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.12 
 
 		 241 aa  42.4  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.37 
 
 		 209 aa  42.4  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.56 
 
 		 195 aa  42.4  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  27.41 
 
 		 628 aa  42.4  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  25.93 
 
 		 157 aa  42  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.93 
 
 		 157 aa  42  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  25.93 
 
 		 157 aa  42  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.93 
 
 		 157 aa  42  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.93 
 
 		 157 aa  42  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.93 
 
 		 157 aa  42  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.26 
 
 		 161 aa  41.2  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.75 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.93 
 
 		 157 aa  41.2  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.85 
 
 		 182 aa  41.2  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.95 
 
 		 241 aa  41.2  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  31.07 
 
 		 234 aa  40.8  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2479  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.58 
 
 		 206 aa  40.8  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.447781  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3132  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.58 
 
 		 206 aa  40.4  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.675803 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>