86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4192 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 195 aa  388  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  32.08 
 
 		 619 aa  67.8  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0406  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.58 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.78 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0730  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.24 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.08 
 
 		 628 aa  57.4  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0122  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  31.85 
 
 		 623 aa  56.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.67 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1947  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.27 
 
 		 635 aa  55.1  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3644  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  36.99 
 
 		 620 aa  54.7  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173742 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3385  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.4 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1264  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6142  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  32.1 
 
 		 619 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.38 
 
 		 174 aa  50.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2138  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.38 
 
 		 180 aa  50.1  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000455407  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0709  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  29.41 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5222  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  25.53 
 
 		 634 aa  49.3  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2685  TrapT dctQ-M fusion permease, dicarboxylate transport  32.74 
 
 		 627 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5261  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  24.7 
 
 		 636 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.36 
 
 		 632 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.85 
 
 		 190 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0539  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.57 
 
 		 207 aa  48.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7228  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  30.68 
 
 		 628 aa  47.8  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1148  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.89 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.82 
 
 		 627 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1456  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.11 
 
 		 170 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  27.05 
 
 		 234 aa  47.4  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.02 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3452  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.83 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.408316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4816  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.08 
 
 		 625 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4769  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.2 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1445  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.6 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.361291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.91 
 
 		 622 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.99 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0333  hypothetical protein  28.57 
 
 		 175 aa  46.2  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2756  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  27.55 
 
 		 628 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.95761  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.99 
 
 		 196 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.29 
 
 		 170 aa  46.2  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  28.8 
 
 		 628 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0089  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.17 
 
 		 188 aa  45.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.41 
 
 		 182 aa  45.8  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.68 
 
 		 174 aa  45.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0439  TRAP dicarboxylate transporter, fused DctM (12TM) and DctQ (4TM) subunits  29.03 
 
 		 628 aa  45.1  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2373  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.18 
 
 		 622 aa  45.1  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2569  carbohydrate kinase  31.65 
 
 		 373 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00777638  hitchhiker  0.0000000380765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3006  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.17 
 
 		 630 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.78 
 
 		 195 aa  44.7  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0560  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.67 
 
 		 625 aa  44.7  0.0009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2121  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  31.25 
 
 		 620 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0330  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  28.57 
 
 		 180 aa  43.9  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.43 
 
 		 160 aa  43.9  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  24.84 
 
 		 159 aa  43.5  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0979  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40 
 
 		 632 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383975  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  27.27 
 
 		 232 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.53 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.48 
 
 		 171 aa  43.1  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4272  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.4 
 
 		 175 aa  43.1  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2122  ArsR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0479632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2025  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  29.81 
 
 		 627 aa  43.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.19419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.24 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.11 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1538  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.51 
 
 		 623 aa  42.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0479957  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3018  C4-dicarboxylate transport system, small permease subunit  28.44 
 
 		 171 aa  42.4  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000295646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  29.03 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1073  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.34 
 
 		 172 aa  42.4  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.16 
 
 		 177 aa  42.4  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1536  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  25.6 
 
 		 638 aa  42.4  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  26.83 
 
 		 224 aa  42  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1723  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.93 
 
 		 162 aa  42.4  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00467009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0353  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.89 
 
 		 197 aa  42  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0563377  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4815  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  23.88 
 
 		 616 aa  41.6  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.961579  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.88 
 
 		 214 aa  41.6  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.88 
 
 		 214 aa  41.6  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.82 
 
 		 174 aa  41.6  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2721  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.4 
 
 		 627 aa  41.6  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.250068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.43 
 
 		 193 aa  41.6  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.71 
 
 		 214 aa  41.2  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0785  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.47 
 
 		 185 aa  41.6  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4174  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 224 aa  41.6  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00728249  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 224 aa  41.6  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.32 
 
 		 218 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.32 
 
 		 218 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.32 
 
 		 218 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3120  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.95 
 
 		 627 aa  41.2  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.525657  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2593  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 183 aa  41.2  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480245  normal  0.0803761 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.32 
 
 		 218 aa  41.2  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>