More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3236 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3236  NmrA family protein  100 
 
 		 257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3897  NmrA-like  68.65 
 
 		 257 aa  351  7e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.39 
 
 		 270 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1955  hypothetical protein  54.86 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.862729  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0501  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  34.53 
 
 		 216 aa  92.8  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.82125 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4583  Male sterility-like  27 
 
 		 282 aa  86.3  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0100166 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.942866  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0227  NmrA family protein  31.58 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4317  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.98 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.416594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1086  hypothetical protein  29.54 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.951647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5164  NmrA family protein  29.17 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000496465 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1729  hypothetical protein  33.02 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.62 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3559  NmrA family protein  35.57 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.432417 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2360  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3033  NmrA family protein  30.29 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.439584 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3977  NmrA family protein  28.08 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000385201 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3928  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1265  NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I intermediate-associated protein 30  30.34 
 
 		 491 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00813231  hitchhiker  0.00210793 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0209  putative NADH-flavin reductase  26.94 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1235  NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I intermediate-associated protein 30  29.66 
 
 		 491 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4150  NmrA family protein  34.65 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0515383  normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22520  hypothetical protein  34.13 
 
 		 351 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000139034  hitchhiker  0.0000222268 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2558  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.81 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1003  NmrA-like  25.34 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.95557 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0037  NmrA family protein  33 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0712158  normal  0.162843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0660  NmrA family protein  34.16 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0809  putative NADH-flavin reductase  24.3 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0229953  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49437  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases-like protein  30.38 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08411  putative NADH-flavin reductase  26.03 
 
 		 222 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.40154  hitchhiker  0.00485134 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2014  hypothetical protein  29 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.441743 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2425  chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  28.46 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7197  NmrA family protein  34.01 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4590  NmrA family protein  32.04 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.03216 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 		 218 aa  67  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 		 231 aa  67  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1529  NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I intermediate-associated protein 30  38.14 
 
 		 500 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.935253 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.0331815 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1920  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.65 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0344  NmrA family protein  32.38 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.984722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12271  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  27.86 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0616034  normal  0.226858 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.146647  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3563  NmrA-like  26.83 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0547  NmrA family protein  30.73 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4033  NmrA family protein  34.93 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.027293  normal  0.618163 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1016  hypothetical protein  28.82 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.861732  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6340  NmrA family protein  34.93 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08621  putative NADH-flavin reductase  23.36 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0817  NmrA family protein  33.1 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3457  NmrA-like  46.05 
 
 		 500 aa  63.5  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.887655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07801  putative NADH-flavin reductase  22.9 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.368016  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4104  NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I intermediate-associated protein 30  36.28 
 
 		 494 aa  62.8  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.185236  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6609  NmrA family protein  32.84 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4894  NmrA family protein  53.66 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2766  NmrA family protein  29.82 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.814465  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6212  NmrA family protein  33.33 
 
 		 289 aa  62  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427571  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1958  NmrA family protein  33.78 
 
 		 284 aa  62  0.000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.190624  normal  0.373159 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6266  NmrA family protein  31.79 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0469029 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0675  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  28.5 
 
 		 320 aa  62  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.240438  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6433  NmrA-like  33.89 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.64 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2575  NmrA family protein  30.7 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6668  NmrA family protein  33.89 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.59 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0144299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3410  NmrA-like  30.16 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.630504  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3162  NmrA-like  27 
 
 		 325 aa  60.8  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.186566  hitchhiker  0.00806133 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0745309  normal  0.267287 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.166157  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08651  putative NADH-flavin reductase  22.22 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0142417  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  34.75 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5185  NADPH:quinone reductase and related Zn-dependent oxidoreductase-like protein  32.84 
 
 		 584 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0220056 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5627  NmrA family protein  52.38 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00676313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02326  hypothetical protein  29.69 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.544292  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2364  NmrA family protein  34.19 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000211111  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0312  NmrA family protein  32.2 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.212335  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1449  NmrA family protein  34.93 
 
 		 275 aa  58.9  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1339  NmrA family protein  31.94 
 
 		 274 aa  58.5  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 		 336 aa  58.5  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0324  NmrA family protein  44.05 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6424  NmrA family protein  33.11 
 
 		 288 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0421273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  29.55 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0065  NmrA family protein  29.37 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0063  NmrA family protein  29.37 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000216715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_47864  predicted protein  32.89 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1986  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  27.91 
 
 		 320 aa  57  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0663634 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>