More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1299 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2434  prolyl-tRNA synthetase  84.84 
 
 		 445 aa  785    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0969516  normal  0.0343641 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0778  prolyl-tRNA synthetase  84.62 
 
 		 445 aa  783    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1060  prolyl-tRNA synthetase  81.9 
 
 		 452 aa  738    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0744  prolyl-tRNA synthetase  84.47 
 
 		 445 aa  780    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1852  prolyl-tRNA synthetase  82.81 
 
 		 451 aa  768    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0401  prolyl-tRNA synthetase  84.39 
 
 		 445 aa  783    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1299  prolyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 450 aa  925    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3205  prolyl-tRNA synthetase  66.74 
 
 		 439 aa  617  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.405464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3276  prolyl-tRNA synthetase  65.83 
 
 		 438 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2597  prolyl-tRNA synthetase  66.06 
 
 		 439 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.700725  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2427  prolyl-tRNA synthetase  66.74 
 
 		 439 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0696264 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4531  prolyl-tRNA synthetase  66.06 
 
 		 444 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2865  prolyl-tRNA synthetase  66.06 
 
 		 439 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4408  prolyl-tRNA synthetase  64.01 
 
 		 444 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.619461  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4144  prolyl-tRNA synthetase  64.46 
 
 		 443 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4463  prolyl-tRNA synthetase  63.78 
 
 		 440 aa  598  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2197  prolyl-tRNA synthetase  65.83 
 
 		 439 aa  600  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0139708  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1375  prolyl-tRNA synthetase  64.77 
 
 		 444 aa  598  1e-170  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.178803  normal  0.0774537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1196  prolyl-tRNA synthetase  62.36 
 
 		 441 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1066  prolyl-tRNA synthetase  62.59 
 
 		 441 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.173232 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1865  prolyl-tRNA synthetase  64.69 
 
 		 439 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.102864  normal  0.0772864 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2041  prolyl-tRNA synthetase  61.68 
 
 		 441 aa  592  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1739  prolyl-tRNA synthetase  63.24 
 
 		 498 aa  592  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.350453  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2812  prolyl-tRNA synthetase  64.61 
 
 		 445 aa  590  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1797  prolyl-tRNA synthetase  63.33 
 
 		 439 aa  588  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.605201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1040  prolyl-tRNA synthetase  64.37 
 
 		 442 aa  586  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0515857  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1279  prolyl-tRNA synthetase  62.33 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0193601  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0918  prolyl-tRNA synthetase  61.64 
 
 		 442 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1371  prolyl-tRNA synthetase  62.33 
 
 		 440 aa  581  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1001  prolyl-tRNA synthetase  61.9 
 
 		 441 aa  578  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0568909 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2405  prolyl-tRNA synthetase  63.68 
 
 		 442 aa  578  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.309305  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0816  prolyl-tRNA synthetase  63.7 
 
 		 442 aa  581  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0822  prolyl-tRNA synthetase  63.24 
 
 		 442 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.912404  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0701  prolyl-tRNA synthetase  62.19 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2347  prolyl-tRNA synthetase  65.07 
 
 		 437 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.191545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0794  prolyl-tRNA synthetase  61.64 
 
 		 441 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.500422  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0939  prolyl-tRNA synthetase  62.41 
 
 		 437 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1576  prolyl-tRNA synthetase  62.79 
 
 		 435 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.710694  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3343  prolyl-tRNA synthetase  59.59 
 
 		 438 aa  535  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0813  prolyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 		 422 aa  483  1e-135  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0327  prolyl-tRNA synthetase  45.23 
 
 		 424 aa  425  1e-118  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00684631  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0740  prolyl-tRNA synthetase  45 
 
 		 424 aa  412  1e-114  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.944832  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0367  prolyl-tRNA synthetase  46.9 
 
 		 436 aa  404  1e-111  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0860  prolyl-tRNA synthetase  36.98 
 
 		 435 aa  310  4e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0222231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2798  prolyl-tRNA synthetase  55.2 
 
 		 585 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0211656  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0680  prolyl-tRNA synthetase  56.05 
 
 		 571 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0713263  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1354  prolyl-tRNA synthetase  55.66 
 
 		 570 aa  272  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000653795  hitchhiker  4.6338400000000005e-18 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36750  prolyl-tRNA synthetase  54.87 
 
 		 571 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2864  prolyl-tRNA synthetase  50.19 
 
 		 570 aa  271  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.254717  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1276  prolyl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 571 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.695644  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4010  prolyl-tRNA synthetase  39.07 
 
 		 571 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.550973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1334  prolyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 		 573 aa  269  8.999999999999999e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000102845 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3289  prolyl-tRNA synthetase  53.98 
 
 		 571 aa  269  8.999999999999999e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.605586  normal  0.115302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1205  prolyl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 571 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.363423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1234  prolyl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 571 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2891  prolyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 		 573 aa  268  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4213  prolyl-tRNA synthetase  52.91 
 
 		 571 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.280151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3130  prolyl-tRNA synthetase  53.98 
 
 		 584 aa  267  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00382866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2596  prolyl-tRNA synthetase  55.31 
 
 		 569 aa  268  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.607572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1161  prolyl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 572 aa  268  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3251  prolyl-tRNA synthetase  54.22 
 
 		 569 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.836053  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3230  prolyl-tRNA synthetase  53.81 
 
 		 569 aa  266  5e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1258  prolyl-tRNA synthetase  51.53 
 
 		 571 aa  266  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0547668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51900  prolyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 		 571 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2544  prolyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 		 571 aa  266  7e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.54671  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4552  prolyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 		 571 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.651507  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02965  prolyl-tRNA synthetase  52.65 
 
 		 572 aa  265  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.33689  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0450  prolyl-tRNA synthetase  52.21 
 
 		 569 aa  265  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.543628  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0168  prolyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 		 564 aa  264  2e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2026  prolyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 		 566 aa  264  2e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1767  prolyl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 576 aa  265  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.621911  hitchhiker  0.00303994 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0701  prolyl-tRNA synthetase  53.85 
 
 		 568 aa  264  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269166  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2753  prolyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 		 571 aa  264  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00193635  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1345  prolyl-tRNA synthetase  54.22 
 
 		 570 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0163482 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0644  prolyl-tRNA synthetase  53.81 
 
 		 576 aa  263  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0351712  normal  0.29451 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0420  prolyl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 573 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1410  prolyl-tRNA synthetase  54.22 
 
 		 570 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0841701 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0325  prolyl-tRNA synthetase  54.71 
 
 		 574 aa  263  6e-69  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2518  prolyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 		 571 aa  263  6e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468149  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1398  prolyl-tRNA synthetase  54.22 
 
 		 570 aa  263  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.259821  normal  0.232568 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3154  prolyl-tRNA synthetase  54.22 
 
 		 570 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1197  prolyl-tRNA synthetase  52 
 
 		 571 aa  262  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0503  prolyl-tRNA synthetase  38.42 
 
 		 570 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1460  prolyl-tRNA synthetase  52.94 
 
 		 570 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0869811  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0574  prolyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 581 aa  262  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.579261 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1146  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0539  prolyl-tRNA synthetase  56.19 
 
 		 568 aa  262  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847816 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3265  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2112  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 579 aa  261  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3518  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2139  prolyl-tRNA synthetase  52.89 
 
 		 573 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3482  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.373941  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0938  prolyl-tRNA synthetase  53.21 
 
 		 580 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.140271  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3520  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2796  prolyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1298  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0439  prolyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 578 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0842  prolyl-tRNA synthetase  51.56 
 
 		 572 aa  260  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0422882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0206  prolyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 572 aa  260  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.835118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0264  prolyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 572 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.138448  normal  0.408227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>