More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1739 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4408  prolyl-tRNA synthetase  71.46 
 
 		 444 aa  660    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.619461  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4144  prolyl-tRNA synthetase  72.05 
 
 		 443 aa  670    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4463  prolyl-tRNA synthetase  72.37 
 
 		 440 aa  673    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_004310  BR0822  prolyl-tRNA synthetase  73.74 
 
 		 442 aa  676    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.912404  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0918  prolyl-tRNA synthetase  82.92 
 
 		 442 aa  769    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2405  prolyl-tRNA synthetase  74.43 
 
 		 442 aa  682    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.309305  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1739  prolyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 498 aa  1035    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.350453  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1279  prolyl-tRNA synthetase  85.91 
 
 		 440 aa  793    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0193601  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1066  prolyl-tRNA synthetase  68.71 
 
 		 441 aa  646    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.173232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2041  prolyl-tRNA synthetase  69.86 
 
 		 441 aa  649    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1196  prolyl-tRNA synthetase  68.48 
 
 		 441 aa  646    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1040  prolyl-tRNA synthetase  73.06 
 
 		 442 aa  680    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0515857  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0794  prolyl-tRNA synthetase  70 
 
 		 441 aa  644    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.500422  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0816  prolyl-tRNA synthetase  74.2 
 
 		 442 aa  680    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1371  prolyl-tRNA synthetase  86.59 
 
 		 440 aa  800    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1001  prolyl-tRNA synthetase  70.4 
 
 		 441 aa  631  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0568909 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1375  prolyl-tRNA synthetase  67.65 
 
 		 444 aa  618  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.178803  normal  0.0774537 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2812  prolyl-tRNA synthetase  66.97 
 
 		 445 aa  613  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1576  prolyl-tRNA synthetase  67.95 
 
 		 435 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.710694  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2865  prolyl-tRNA synthetase  66.36 
 
 		 439 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2597  prolyl-tRNA synthetase  65.23 
 
 		 439 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.700725  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3205  prolyl-tRNA synthetase  65.31 
 
 		 439 aa  598  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.405464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3276  prolyl-tRNA synthetase  65.15 
 
 		 438 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2197  prolyl-tRNA synthetase  65.6 
 
 		 439 aa  596  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0139708  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4531  prolyl-tRNA synthetase  64.85 
 
 		 444 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2427  prolyl-tRNA synthetase  65.38 
 
 		 439 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0696264 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1299  prolyl-tRNA synthetase  63.24 
 
 		 450 aa  592  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1865  prolyl-tRNA synthetase  65.15 
 
 		 439 aa  589  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.102864  normal  0.0772864 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1797  prolyl-tRNA synthetase  65.38 
 
 		 439 aa  590  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.605201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0778  prolyl-tRNA synthetase  63.55 
 
 		 445 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2434  prolyl-tRNA synthetase  63.55 
 
 		 445 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0969516  normal  0.0343641 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0701  prolyl-tRNA synthetase  64.01 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0401  prolyl-tRNA synthetase  62.64 
 
 		 445 aa  578  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0744  prolyl-tRNA synthetase  62.33 
 
 		 445 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1852  prolyl-tRNA synthetase  60.36 
 
 		 451 aa  566  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1060  prolyl-tRNA synthetase  62.19 
 
 		 452 aa  564  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2347  prolyl-tRNA synthetase  64.4 
 
 		 437 aa  558  1e-158  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.191545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3343  prolyl-tRNA synthetase  62.27 
 
 		 438 aa  547  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0939  prolyl-tRNA synthetase  61.87 
 
 		 437 aa  546  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0813  prolyl-tRNA synthetase  53.64 
 
 		 422 aa  466  9.999999999999999e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0327  prolyl-tRNA synthetase  45.89 
 
 		 424 aa  416  9.999999999999999e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00684631  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0740  prolyl-tRNA synthetase  46.58 
 
 		 424 aa  409  1e-113  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.944832  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0367  prolyl-tRNA synthetase  46.4 
 
 		 436 aa  400  9.999999999999999e-111  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0860  prolyl-tRNA synthetase  39.55 
 
 		 435 aa  317  5e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0222231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2798  prolyl-tRNA synthetase  61.54 
 
 		 585 aa  300  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0211656  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1354  prolyl-tRNA synthetase  61.99 
 
 		 570 aa  300  5e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000653795  hitchhiker  4.6338400000000005e-18 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1334  prolyl-tRNA synthetase  60.63 
 
 		 573 aa  296  6e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000102845 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2891  prolyl-tRNA synthetase  60.18 
 
 		 573 aa  294  2e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0206  prolyl-tRNA synthetase  60.18 
 
 		 572 aa  292  8e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.835118  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1460  prolyl-tRNA synthetase  60.18 
 
 		 570 aa  291  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0869811  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2796  prolyl-tRNA synthetase  57.56 
 
 		 578 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0842  prolyl-tRNA synthetase  59.73 
 
 		 572 aa  290  5.0000000000000004e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0422882  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0701  prolyl-tRNA synthetase  59.91 
 
 		 568 aa  290  5.0000000000000004e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269166  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2112  prolyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 		 579 aa  290  6e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1146  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  289  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3482  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.373941  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0264  prolyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3265  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3518  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0283  prolyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3520  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0280  prolyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.888152  normal  0.308702 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0264  prolyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.138448  normal  0.408227 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0490  prolyl-tRNA synthetase  57.56 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0401161  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0439  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0269  prolyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.104419 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1298  prolyl-tRNA synthetase  59.03 
 
 		 578 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1753  prolyl-tRNA synthetase  58.41 
 
 		 576 aa  287  2e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000186483  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0515  prolyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 		 578 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.6472  normal  0.702798 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2517  prolyl-tRNA synthetase  58.59 
 
 		 578 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0574  prolyl-tRNA synthetase  59.91 
 
 		 581 aa  286  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.579261 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0105  prolyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 578 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0557  prolyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 578 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102266  hitchhiker  0.00106773 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0587  prolyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 578 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1723  prolyl-tRNA synthetase  60.09 
 
 		 574 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0632961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3758  prolyl-tRNA synthetase  58.37 
 
 		 572 aa  286  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000162237  normal  0.107484 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3672  prolyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 		 578 aa  286  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.371804  normal  0.861053 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00193  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.188876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3408  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3465  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0875949  normal  0.524009 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0205  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0201  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0198  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0258989  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0188  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.638995  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00192  hypothetical protein  58.82 
 
 		 572 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.165421  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0873  prolyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 		 572 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.922522  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0168  prolyl-tRNA synthetase  60.63 
 
 		 564 aa  284  2.0000000000000002e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2026  prolyl-tRNA synthetase  60.63 
 
 		 566 aa  285  2.0000000000000002e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0938  prolyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 580 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.140271  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0909  Pectate lyase/Amb allergen  58.37 
 
 		 575 aa  283  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000725309  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2206  prolyl-tRNA synthetase  58.67 
 
 		 574 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36750  prolyl-tRNA synthetase  59.28 
 
 		 571 aa  283  5.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1767  prolyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 576 aa  283  5.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.621911  hitchhiker  0.00303994 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0450  prolyl-tRNA synthetase  57.71 
 
 		 569 aa  283  6.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.543628  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1276  prolyl-tRNA synthetase  57.01 
 
 		 571 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.695644  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2864  prolyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 570 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.254717  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2596  prolyl-tRNA synthetase  60.55 
 
 		 569 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.607572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0420  prolyl-tRNA synthetase  57.27 
 
 		 573 aa  282  9e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2139  prolyl-tRNA synthetase  59.46 
 
 		 573 aa  282  9e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1161  prolyl-tRNA synthetase  59.63 
 
 		 572 aa  282  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>