More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0909 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00193  prolyl-tRNA synthetase  65.16 
 
 		 572 aa  764    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.188876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3408  prolyl-tRNA synthetase  64.81 
 
 		 572 aa  759    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0200  prolyl-tRNA synthetase  55.79 
 
 		 580 aa  657    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.74262  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1038  prolyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 572 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0147729  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0269  prolyl-tRNA synthetase  64.93 
 
 		 572 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.104419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1205  prolyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 		 571 aa  734    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.363423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3410  prolyl-tRNA synthetase  65.22 
 
 		 572 aa  755    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0389234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2864  prolyl-tRNA synthetase  61.69 
 
 		 570 aa  733    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.254717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2013  prolyl-tRNA synthetase  61.55 
 
 		 583 aa  714    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2596  prolyl-tRNA synthetase  61.19 
 
 		 569 aa  730    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.607572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00192  hypothetical protein  65.16 
 
 		 572 aa  764    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.165421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3443  prolyl-tRNA synthetase  56.77 
 
 		 578 aa  665    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0201735  hitchhiker  0.00179562 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3230  prolyl-tRNA synthetase  64.56 
 
 		 569 aa  751    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2873  prolyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 		 571 aa  722    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3130  prolyl-tRNA synthetase  60.84 
 
 		 584 aa  722    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00382866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1735  prolyl-tRNA synthetase  66.61 
 
 		 577 aa  767    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3154  prolyl-tRNA synthetase  61.82 
 
 		 570 aa  722    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3988  prolyl-tRNA synthetase  61.53 
 
 		 571 aa  717    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.360667  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0218  prolyl-tRNA synthetase  55.61 
 
 		 580 aa  654    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.633447  normal  0.230302 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2646  prolyl-tRNA synthetase  55.73 
 
 		 578 aa  645    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0515  prolyl-tRNA synthetase  56.08 
 
 		 578 aa  653    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.6472  normal  0.702798 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2517  prolyl-tRNA synthetase  57.78 
 
 		 578 aa  662    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0749  prolyl-tRNA synthetase  58.49 
 
 		 569 aa  687    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0731  prolyl-tRNA synthetase  58.67 
 
 		 569 aa  691    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1399  prolyl-tRNA synthetase  62.67 
 
 		 571 aa  728    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0429  prolyl-tRNA synthetase  60.77 
 
 		 572 aa  676    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0644  prolyl-tRNA synthetase  57.89 
 
 		 576 aa  669    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0351712  normal  0.29451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4213  prolyl-tRNA synthetase  62.39 
 
 		 571 aa  726    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.280151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2518  prolyl-tRNA synthetase  60.87 
 
 		 571 aa  717    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468149  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2952  prolyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 		 573 aa  639    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0701  prolyl-tRNA synthetase  59.97 
 
 		 568 aa  683    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269166  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2112  prolyl-tRNA synthetase  57.44 
 
 		 579 aa  646    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1227  prolyl-tRNA synthetase  55.06 
 
 		 582 aa  640    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.463936  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03253  prolyl-tRNA synthetase  61.86 
 
 		 571 aa  716    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3518  prolyl-tRNA synthetase  57.96 
 
 		 578 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0897  prolyl-tRNA synthetase  60.07 
 
 		 574 aa  723    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1197  prolyl-tRNA synthetase  61.35 
 
 		 571 aa  720    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4010  prolyl-tRNA synthetase  62.39 
 
 		 571 aa  725    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.550973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3672  prolyl-tRNA synthetase  57.42 
 
 		 578 aa  653    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.371804  normal  0.861053 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2338  prolyl-tRNA synthetase  65.03 
 
 		 574 aa  764    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281528 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0168  prolyl-tRNA synthetase  58.3 
 
 		 564 aa  682    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0873  prolyl-tRNA synthetase  64.74 
 
 		 572 aa  748    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.922522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1091  prolyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 572 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789796  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1075  prolyl-tRNA synthetase  64.8 
 
 		 572 aa  760    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0188  prolyl-tRNA synthetase  65.16 
 
 		 572 aa  764    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.638995  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2796  prolyl-tRNA synthetase  58.14 
 
 		 578 aa  660    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2856  prolyl-tRNA synthetase  61.32 
 
 		 571 aa  720    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.521169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0201  prolyl-tRNA synthetase  65.33 
 
 		 572 aa  765    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0450  prolyl-tRNA synthetase  59.62 
 
 		 569 aa  684    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.543628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1258  prolyl-tRNA synthetase  62.52 
 
 		 571 aa  734    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0547668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1146  prolyl-tRNA synthetase  56.67 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0732  prolyl-tRNA synthetase  64.11 
 
 		 572 aa  746    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.342161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0517  prolyl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 581 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801971 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1125  prolyl-tRNA synthetase  62.87 
 
 		 574 aa  730    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0610859  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0264  prolyl-tRNA synthetase  64.93 
 
 		 572 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0909  Pectate lyase/Amb allergen  100 
 
 		 575 aa  1190    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000725309  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02965  prolyl-tRNA synthetase  60.28 
 
 		 572 aa  677    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.33689  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0420  prolyl-tRNA synthetase  60.24 
 
 		 573 aa  692    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1503  prolyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 		 571 aa  722    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0974844  normal  0.459813 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0513  prolyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 578 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2544  prolyl-tRNA synthetase  61.32 
 
 		 571 aa  728    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.54671  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2139  prolyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 		 573 aa  733    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36750  prolyl-tRNA synthetase  64.41 
 
 		 571 aa  754    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0463  prolyl-tRNA synthetase  61.12 
 
 		 572 aa  681    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.178394  normal  0.888512 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3100  prolyl-tRNA synthetase  55.28 
 
 		 573 aa  636    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3465  prolyl-tRNA synthetase  65.16 
 
 		 572 aa  764    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0875949  normal  0.524009 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0400  prolyl-tRNA synthetase  63.64 
 
 		 571 aa  737    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0189539  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0105  prolyl-tRNA synthetase  57.6 
 
 		 578 aa  657    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0892  prolyl-tRNA synthetase  61.34 
 
 		 571 aa  720    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.32096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1276  prolyl-tRNA synthetase  65.38 
 
 		 571 aa  775    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.695644  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0439  prolyl-tRNA synthetase  57.96 
 
 		 578 aa  664    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3251  prolyl-tRNA synthetase  60.14 
 
 		 569 aa  718    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.836053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0557  prolyl-tRNA synthetase  57.42 
 
 		 578 aa  655    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102266  hitchhiker  0.00106773 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1305  prolyl-tRNA synthetase  63.7 
 
 		 571 aa  743    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.30482  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0280  prolyl-tRNA synthetase  64.93 
 
 		 572 aa  764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.888152  normal  0.308702 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1345  prolyl-tRNA synthetase  61.78 
 
 		 570 aa  721    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0163482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1410  prolyl-tRNA synthetase  61.78 
 
 		 570 aa  722    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0841701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0539  prolyl-tRNA synthetase  61.05 
 
 		 568 aa  718    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847816 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2753  prolyl-tRNA synthetase  62.2 
 
 		 571 aa  728    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00193635  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0206  prolyl-tRNA synthetase  65.33 
 
 		 572 aa  768    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.835118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4552  prolyl-tRNA synthetase  63.35 
 
 		 571 aa  738    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.651507  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0490  prolyl-tRNA synthetase  55.9 
 
 		 578 aa  657    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0401161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51900  prolyl-tRNA synthetase  63.35 
 
 		 571 aa  740    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805338 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0751  prolyl-tRNA synthetase  61.91 
 
 		 576 aa  697    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313509 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0198  prolyl-tRNA synthetase  65.16 
 
 		 572 aa  764    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0258989  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3758  prolyl-tRNA synthetase  65.8 
 
 		 572 aa  759    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000162237  normal  0.107484 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3002  prolyl-tRNA synthetase  61.21 
 
 		 571 aa  717    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1234  prolyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 		 571 aa  733    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3520  prolyl-tRNA synthetase  57.96 
 
 		 578 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0587  prolyl-tRNA synthetase  57.42 
 
 		 578 aa  655    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3265  prolyl-tRNA synthetase  57.96 
 
 		 578 aa  664    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0205  prolyl-tRNA synthetase  65.16 
 
 		 572 aa  764    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1398  prolyl-tRNA synthetase  61.82 
 
 		 570 aa  721    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.259821  normal  0.232568 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3482  prolyl-tRNA synthetase  57.96 
 
 		 578 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.373941  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2026  prolyl-tRNA synthetase  58.3 
 
 		 566 aa  683    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0264  prolyl-tRNA synthetase  64.76 
 
 		 572 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.138448  normal  0.408227 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0283  prolyl-tRNA synthetase  64.76 
 
 		 572 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1161  prolyl-tRNA synthetase  60.94 
 
 		 572 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1298  prolyl-tRNA synthetase  57.96 
 
 		 578 aa  664    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3289  prolyl-tRNA synthetase  62.21 
 
 		 571 aa  729    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.605586  normal  0.115302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>