More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3465 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3465  AsnC family transcriptional regulator  100 
 
 
169 aa  352  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2886  AsnC family transcriptional regulator  36.31 
 
 
156 aa  101  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2815  AsnC family transcriptional regulator  35 
 
 
166 aa  99.8  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1074  AsnC family transcriptional regulator  32.47 
 
 
157 aa  89  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.405104  hitchhiker  0.000029673 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2835  AsnC family transcriptional regulator  32.24 
 
 
172 aa  86.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242458  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5002  transcriptional regulator, AsnC family  37.38 
 
 
158 aa  84.3  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.947016  normal  0.33214 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1064  AsnC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
175 aa  84  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5805  transcriptional regulator, AsnC family  31.1 
 
 
172 aa  84  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0160115  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5887  transcriptional regulator AsnC family  36.45 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0006  transcriptional regulator, AsnC family  31.01 
 
 
159 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0671  bkd operon transcriptional regulator  30.77 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000013017  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3971  transcriptional regulator, AsnC family  29.01 
 
 
175 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3337  AsnC family transcriptional regulator  30.72 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.993463 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4412  transcriptional regulator, AsnC family  33.07 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0615  AsnC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.615736  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2311  AsnC family transcriptional regulator  28.3 
 
 
161 aa  82.4  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.503537  hitchhiker  0.00316329 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3311  AsnC family transcriptional regulator  30.25 
 
 
175 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.944983  normal  0.0543443 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0174  AsnC family transcriptional regulator  35.83 
 
 
160 aa  82  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5590  AsnC family transcriptional regulator  36.45 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.321547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0569  AsnC family transcriptional regulator  31.45 
 
 
159 aa  82  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.933873  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1509  transcriptional regulator, AsnC family  31.61 
 
 
159 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0071225  normal  0.53352 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4776  AsnC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524712  hitchhiker  0.00402147 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4652  AsnC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0644  AsnC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.315347  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1849  AsnC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
213 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00276747  hitchhiker  0.0000000161296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1405  transcriptional regulator, AsnC family  30.77 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.55305 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1351  AsnC family transcriptional regulator  26.49 
 
 
155 aa  82  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4830  AsnC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000635  transcriptional regulator AsnC family  36.45 
 
 
159 aa  81.6  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0505  AsnC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
181 aa  81.6  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2933  AsnC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
165 aa  81.3  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.256284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2653  putative leucine-responsive regulatory protein  30.92 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.326874  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1736  bkd operon transcriptional regulator  29.41 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00397839  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1843  bkd operon transcriptional regulator  29.41 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00082559  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1288  AsnC family transcriptional regulator  26.14 
 
 
157 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.890336  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1635  bkd operon transcriptional regulator  29.41 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232797  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2209  AsnC family transcriptional regulator  30.72 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3961  AsnC family transcriptional regulator  29.61 
 
 
161 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.537786  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0513  bkd operon transcriptional regulator  29.41 
 
 
175 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000170709  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4400  transcriptional regulator BkdR  29.61 
 
 
161 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.739741 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3741  AsnC family transcriptional regulator  30.26 
 
 
161 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.641496  normal  0.623498 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0782  bkd operon transcriptional regulator  29.41 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000164018  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2461  AsnC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000130465  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2918  transcriptional regulator, AsnC family  37.38 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3837  AsnC family transcriptional regulator  27.15 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.752955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1926  AsnC family transcriptional regulator  35.51 
 
 
194 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.883962  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1454  AsnC family transcriptional regulator  29.61 
 
 
161 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.283041  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2323  AsnC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
202 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4335  regulatory proteins, AsnC/Lrp  31.68 
 
 
163 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0627745  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3502  transcriptional regulator, AsnC family  35.17 
 
 
159 aa  79  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3462  AsnC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
162 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4647  AsnC family transcriptional regulator  29.94 
 
 
158 aa  79  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1059  AsnC family transcriptional regulator  39.25 
 
 
159 aa  79  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0704538  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0229  AsnC family transcriptional regulator  29.49 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1577  AsnC family transcriptional regulator  29.49 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3359  transcriptional regulator, AsnC family  31.61 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5122  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
157 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4009  AsnC family transcriptional regulator  31.61 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58510  AsnC family transcriptional regulator  26.11 
 
 
157 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3640  transcriptional regulator, AsnC family  34.48 
 
 
159 aa  78.2  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4793  transcriptional regulator, AsnC family  31.68 
 
 
159 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2116  AsnC family transcriptional regulator  32.79 
 
 
156 aa  78.2  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0323344 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0257  AsnC family transcriptional regulator  29.61 
 
 
166 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4473  AsnC family transcriptional regulator  28.1 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000700573 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1742  leucine-responsive transcriptional regulator  30.97 
 
 
166 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110042  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1454  AsnC family transcriptional regulator  27.81 
 
 
160 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2879  AsnC family transcriptional regulator  26.49 
 
 
159 aa  78.2  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2452  AsnC family transcriptional regulator  26.62 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.591707 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4559  AsnC family transcriptional regulator  33.61 
 
 
156 aa  77.8  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.137777  normal  0.0927691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2234  leucine-responsive transcriptional regulator  33.91 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000872232  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2964  AsnC family transcriptional regulator  32.48 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.116625  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07108  transcriptional regulator  29.33 
 
 
161 aa  77.4  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0882  transcriptional regulator, AsnC family  28.1 
 
 
152 aa  77.4  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0193  transcriptional regulator, AsnC family  29.69 
 
 
161 aa  77.4  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.740343  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1771  leucine-responsive transcriptional regulator  31.51 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000022114  normal  0.0203642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4939  AsnC family transcriptional regulator  31.06 
 
 
159 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3070  AsnC family transcriptional regulator  32.79 
 
 
158 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.142573  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2037  AsnC family transcriptional regulator  29.87 
 
 
158 aa  77  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0190388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4648  AsnC family transcriptional regulator  29.68 
 
 
163 aa  77  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841161  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1616  AsnC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
155 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.636289  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1174  AsnC family transcriptional regulator  29.33 
 
 
177 aa  77  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.313461  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2025  leucine-responsive transcriptional regulator  33.91 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000839293  unclonable  0.00000134482 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5628  transcriptional regulator, AsnC family  34.23 
 
 
164 aa  75.9  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2441  AsnC family transcriptional regulator  34.58 
 
 
152 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0722  AsnC family transcriptional regulator  34.58 
 
 
152 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.777911  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09960  transcriptional regulator, AsnC/Lrp family  31.85 
 
 
159 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.130646  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1361  AsnC family transcriptional regulator  29.14 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.658235  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4608  transcriptional regulator, AsnC family  27.27 
 
 
160 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.343686  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2190  leucine-responsive transcriptional regulator  30.97 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000625254  normal  0.0646213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2155  leucine-responsive transcriptional regulator  30.97 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000584376  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2324  leucine-responsive transcriptional regulator  30.97 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000733571  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2216  leucine-responsive transcriptional regulator  30.97 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000025021  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6050  AsnC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.426837  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2180  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.642744  normal  0.728347 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6347  AsnC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1513  AsnC family transcriptional regulator  27.15 
 
 
176 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6686  AsnC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.839318  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4957  AsnC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
158 aa  75.1  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.272407  normal  0.193763 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0244  AsnC family transcriptional regulator  28.39 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6451  AsnC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>