229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3436 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3436  RarD protein, DMT superfamily transporter  100 
 
 		 295 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.509712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2327  transporter DMT superfamily protein  99.66 
 
 		 295 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2500  transporter DMT superfamily protein  97.2 
 
 		 286 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00712457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2437  transporter DMT superfamily protein  92.2 
 
 		 295 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2916  RarD protein  65.75 
 
 		 293 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.861039  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3162  transporter DMT superfamily protein  65.07 
 
 		 294 aa  354  7.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3361  RarD protein  66.33 
 
 		 294 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0796601  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3591  rarD protein  67.47 
 
 		 307 aa  346  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1360  RarD protein, DMT superfamily transporter  56.95 
 
 		 300 aa  269  5e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0549521  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2500  transporter DMT superfamily protein  56.27 
 
 		 300 aa  265  8e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  0.016455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7043  RarD protein, DMT superfamily transporter  49.83 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497948  normal  0.0116084 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0982  transporter DMT superfamily protein  45.55 
 
 		 302 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0947  transporter DMT superfamily protein  45.55 
 
 		 302 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1302  transporter DMT superfamily protein  47.42 
 
 		 297 aa  237  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.836717  normal  0.450959 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5313  rarD protein  49.66 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.211917  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5547  transporter DMT superfamily protein  49.66 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4725  transporter DMT superfamily protein  51.09 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0111  RarD protein  51.45 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0025  RarD protein  50.7 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4122  transporter DMT superfamily protein  50.72 
 
 		 296 aa  225  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4871  transporter DMT superfamily protein  51.81 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5418  transporter DMT superfamily protein  51.45 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3259  transporter DMT superfamily protein  50.36 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0786612 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2239  rarD protein  48.76 
 
 		 297 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1956  rarD protein  49.47 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.435358  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1260  rarD protein  49.47 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2234  RarD protein  49.47 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1278  rarD protein  49.47 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2921  RarD protein  49.47 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.037743  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19160  hypothetical protein  42.86 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.552283 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0973  rarD protein  49.12 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3046  RarD protein  49.47 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1653  hypothetical protein  42.52 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1944  RarD protein  33.56 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000444417  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1849  transporter DMT superfamily protein  37.92 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000022678 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0357  rarD protein  35.95 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0687634 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0151  RarD protein  30.14 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1723  rarD protein  37.41 
 
 		 356 aa  161  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.404594  normal  0.849801 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2440  rarD protein  33.33 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.12249  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0215  RarD protein  32.09 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4001  transporter DMT superfamily protein  32.09 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.948028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0552  hypothetical protein  32.09 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0223  chloramphenicol-sensitive protein RarD  30.41 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.198756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5181  RarD protein  29.57 
 
 		 295 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000181331  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0477  RarD protein, DMT superfamily transporter  31.99 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.840744 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4093  transporter DMT superfamily protein  31.91 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1614  transporter DMT superfamily protein  28.52 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000443089  normal  0.408859 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3592  transporter DMT superfamily protein  30.04 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.228436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0364  transporter DMT superfamily protein  30.04 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0386  transporter DMT superfamily protein  29.04 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000235759  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2413  transporter DMT superfamily protein  31.36 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0330  rarD protein  29.63 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3765  transporter DMT superfamily protein  30.04 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0384  transporter DMT superfamily protein  28.71 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000682799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00345  permease  26.94 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2575  rarD protein  28.09 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.859473  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3832  transporter DMT superfamily protein  29.62 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0190  transporter DMT superfamily protein  30.07 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.7183 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0358  RarD protein, DMT superfamily transporter  28.38 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000108784  normal  0.875961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4157  RarD protein, DMT superfamily transporter  28.43 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4243  rarD protein  29.68 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3424  transporter DMT superfamily protein  28.28 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110688  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3824  transporter DMT superfamily protein  29.15 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3967  RarD protein, DMT superfamily transporter  28.43 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.807001  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0167  transporter DMT superfamily protein  24.66 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0490  RarD protein, DMT superfamily transporter  31.76 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.156296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4342  RarD protein  27.95 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4235  RarD protein  27.95 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4282  hypothetical protein  27.95 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.816229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0467  transporter DMT superfamily protein  29.33 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.323574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0407  RarD protein, DMT superfamily transporter  29.33 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0219498  hitchhiker  0.000000000129202 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0082  rarD protein  26.04 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0381  transporter DMT superfamily protein  29.33 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.628097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0717  transporter DMT superfamily protein  28.27 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.424655  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0382  transporter DMT superfamily protein  29.33 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000260751  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0393  transporter DMT superfamily protein  29.33 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  hitchhiker  0.00047979 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002091  protein rarD  27.8 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3977  transporter DMT superfamily protein  28.14 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216532  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4163  RarD protein  27.61 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3476  transporter DMT superfamily protein  27.3 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1247  transporter DMT superfamily protein  27.03 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  0.0239516 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4184  RarD protein  27.7 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00198  Conserved membrane protein RarD  27.65 
 
 		 310 aa  99.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.493256  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4554  transporter DMT superfamily protein  27.97 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00538746 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1183  DMT superfamily efflux pump, RarD  24.39 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.297092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4340  RarD protein  25.76 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1118  rarD protein  24.57 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5260  RarD protein  25.76 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.946168  normal  0.789863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4285  RarD protein  26.01 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0389  rarD protein  26.51 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000602328 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03698  predicted chloramphenical resistance permease  25.76 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4160  RarD protein, DMT superfamily transporter  25.76 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3574  rarD protein  23.75 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03647  hypothetical protein  25.76 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4043  RarD protein  25.76 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4189  transporter DMT superfamily protein  25.76 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4186  RarD protein  25.76 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0171366 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1861  transporter DMT superfamily protein  26.67 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0570  hypothetical protein  30.85 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0866  RarD protein, DMT superfamily transporter  23.39 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.914682  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>