253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3476 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3476  transporter DMT superfamily protein  100 
 
 		 295 aa  588  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0381  transporter DMT superfamily protein  80.14 
 
 		 294 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.628097  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0393  transporter DMT superfamily protein  80.14 
 
 		 294 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  hitchhiker  0.00047979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0382  transporter DMT superfamily protein  80.14 
 
 		 294 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000260751  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0407  RarD protein, DMT superfamily transporter  79.79 
 
 		 294 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0219498  hitchhiker  0.000000000129202 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0467  transporter DMT superfamily protein  80.14 
 
 		 294 aa  481  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.323574  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4243  rarD protein  78.77 
 
 		 294 aa  474  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3765  transporter DMT superfamily protein  77.63 
 
 		 295 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3592  transporter DMT superfamily protein  78.08 
 
 		 294 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.228436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0364  transporter DMT superfamily protein  78.08 
 
 		 294 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0389  rarD protein  75.43 
 
 		 298 aa  457  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000602328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3832  transporter DMT superfamily protein  73.22 
 
 		 295 aa  447  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3824  transporter DMT superfamily protein  76.27 
 
 		 302 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0330  rarD protein  74.07 
 
 		 300 aa  443  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4554  transporter DMT superfamily protein  75.68 
 
 		 296 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00538746 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0332  rarD protein  75.26 
 
 		 293 aa  423  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.100395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0223  chloramphenicol-sensitive protein RarD  57.44 
 
 		 305 aa  343  1e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.198756  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002091  protein rarD  58.48 
 
 		 305 aa  341  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4235  RarD protein  57.04 
 
 		 295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4342  RarD protein  57.04 
 
 		 295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4282  hypothetical protein  57.04 
 
 		 295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.816229 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4340  RarD protein  56.01 
 
 		 295 aa  338  8e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00345  permease  55.71 
 
 		 304 aa  338  9e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4157  RarD protein, DMT superfamily transporter  59.31 
 
 		 309 aa  338  9e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4163  RarD protein  56.7 
 
 		 298 aa  338  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4184  RarD protein  56.9 
 
 		 294 aa  337  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4285  RarD protein  56.01 
 
 		 301 aa  337  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03698  predicted chloramphenical resistance permease  55.67 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4160  RarD protein, DMT superfamily transporter  55.67 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4186  RarD protein  55.67 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0171366 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03647  hypothetical protein  55.67 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4043  RarD protein  55.67 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4189  transporter DMT superfamily protein  55.67 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5260  RarD protein  55.33 
 
 		 295 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.946168  normal  0.789863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3967  RarD protein, DMT superfamily transporter  57.82 
 
 		 309 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.807001  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3977  transporter DMT superfamily protein  56.12 
 
 		 298 aa  334  1e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216532  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2575  rarD protein  57.6 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.859473  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0215  RarD protein  58.16 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4001  transporter DMT superfamily protein  58.16 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.948028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0552  hypothetical protein  58.16 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0190  transporter DMT superfamily protein  59.31 
 
 		 295 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.7183 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0082  rarD protein  49.66 
 
 		 300 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0717  transporter DMT superfamily protein  51.71 
 
 		 294 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.424655  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0239  RarD protein, DMT superfamily transporter  53.29 
 
 		 306 aa  288  6e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.226389  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0190  RarD protein, DMT superfamily transporter  52.68 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4081  transporter DMT superfamily protein  49.49 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00198  Conserved membrane protein RarD  51.57 
 
 		 310 aa  275  7e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.493256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0167  transporter DMT superfamily protein  45.86 
 
 		 304 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5181  RarD protein  46.92 
 
 		 295 aa  261  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000181331  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0358  RarD protein, DMT superfamily transporter  47.26 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000108784  normal  0.875961 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4093  transporter DMT superfamily protein  46 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0384  transporter DMT superfamily protein  46.8 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000682799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0386  transporter DMT superfamily protein  46.58 
 
 		 295 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000235759  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3574  rarD protein  47.78 
 
 		 313 aa  255  6e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3667  rarD protein  48.26 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3353  rarD protein  47.92 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.412924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3267  chloramphenicol-sensitive rarD protein  47.92 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.905769  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3584  rarD protein  47.44 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.884243  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3614  rarD protein  47.92 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.472217  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3567  rarD protein  47.92 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.619892 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1650  rarD protein  48.26 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.754909 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3317  chloramphenicol-sensitive RarD protein  47.92 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0483  rarD protein  48.1 
 
 		 295 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.000000325655  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2234  transporter DMT superfamily protein  45.64 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.201447  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3262  transporter DMT superfamily protein  48.07 
 
 		 313 aa  248  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0588  hypothetical protein  46.6 
 
 		 298 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.0009394  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06320  hypothetical protein  46.6 
 
 		 298 aa  248  8e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000000257668  normal  0.652211 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4698  RarD protein  46.71 
 
 		 295 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000777154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2331  rarD protein  40.47 
 
 		 301 aa  237  1e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2265  RarD protein, DMT superfamily transporter  44.78 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1950  RarD protein, DMT superfamily transporter  44.44 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0807  RarD protein, DMT superfamily transporter  49.31 
 
 		 301 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00187361  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0811  RarD protein, DMT superfamily transporter  49.31 
 
 		 301 aa  235  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0657773  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2719  transporter DMT superfamily protein  39.53 
 
 		 302 aa  235  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2776  transporter DMT superfamily protein  39.53 
 
 		 302 aa  235  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0477  RarD protein, DMT superfamily transporter  45.49 
 
 		 298 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.840744 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2317  RarD protein, DMT superfamily transporter  40.4 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109763  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1350  rarD protein  45.91 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0760  hypothetical protein  49.3 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0490  RarD protein, DMT superfamily transporter  45.49 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.156296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4844  transporter DMT superfamily protein  45.7 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000446481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2413  transporter DMT superfamily protein  43.16 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3677  RarD protein, DMT superfamily transporter  47.7 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1247  transporter DMT superfamily protein  41.81 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  0.0239516 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0621  transporter DMT superfamily protein  43.39 
 
 		 318 aa  229  5e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000105334  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3424  transporter DMT superfamily protein  42.14 
 
 		 308 aa  229  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110688  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0806  transporter DMT superfamily protein  43.25 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.86594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0769  rarD protein  43.31 
 
 		 303 aa  227  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0570  hypothetical protein  45.83 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3092  transporter DMT superfamily protein  40.54 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.652908  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2967  RarD protein, DMT superfamily transporter  44.44 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.895178 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0535  transporter DMT superfamily protein  41.58 
 
 		 493 aa  223  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.595832  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1614  transporter DMT superfamily protein  41.32 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000443089  normal  0.408859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1661  transporter DMT superfamily protein  42.7 
 
 		 297 aa  221  8e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1952  rarD protein  42.32 
 
 		 307 aa  221  9e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0249  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.81 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0046118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3201  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.14 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.786904  normal  0.510387 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1859  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.66 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.898363  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3395  RarD protein  42.76 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.96482  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0080  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.29 
 
 		 292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>