117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3290 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3290  universal stress protein  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2468  UspA domain-containing protein  95.45 
 
 		 308 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51316  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  72.08 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  41.75 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  36.63 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2451  UspA domain-containing protein  40.54 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  34.33 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  33.78 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  33.65 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  32.33 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  37.61 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  31.33 
 
 		 298 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  34.36 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  30.62 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  28.99 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  28.99 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  28.66 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  29.93 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  29.71 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  33.84 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  29.77 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  29.77 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  29.74 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  28.06 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  28.43 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  28.43 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  28.43 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  27.48 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  27.48 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  27.48 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  27.48 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  27.48 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  27.12 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  27.45 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  27.27 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  25.82 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  27.45 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  25.62 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  29.32 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  25.24 
 
 		 309 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  26.64 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  28.62 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  24.14 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  26.21 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  18.94 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  24.7 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  24.76 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  28.57 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  25.5 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  24.01 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  27.45 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  27.92 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  23.72 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  23.73 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  23.73 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  27.92 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  24.22 
 
 		 311 aa  55.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  28.1 
 
 		 327 aa  55.8  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  20.32 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  24.88 
 
 		 320 aa  54.7  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  24.21 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  25 
 
 		 316 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  25.3 
 
 		 293 aa  52.4  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  24.46 
 
 		 318 aa  52  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  21.19 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  25.86 
 
 		 287 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  24.68 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  23.68 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  36.13 
 
 		 159 aa  50.1  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  22.46 
 
 		 287 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  22.11 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  34.83 
 
 		 144 aa  48.5  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  21.47 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  22.15 
 
 		 320 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  34.83 
 
 		 144 aa  48.1  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  23.76 
 
 		 287 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  26.26 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  27.91 
 
 		 320 aa  47.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  24.19 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  28.95 
 
 		 150 aa  46.6  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  20.95 
 
 		 316 aa  46.6  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  26.73 
 
 		 297 aa  46.2  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  30.77 
 
 		 158 aa  45.8  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  22.12 
 
 		 315 aa  45.8  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  22.01 
 
 		 315 aa  45.8  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2010  DNA binding protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1229  hypothetical protein  29.29 
 
 		 146 aa  44.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1841  universal stress family protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1215  universal stress protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0840426  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2484  universal stress protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121813  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1702  universal stress protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391971  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0359  universal stress protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.245501  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1856  universal stress family protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.509288  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0802  universal stress family protein  30.37 
 
 		 163 aa  44.3  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  20.13 
 
 		 296 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  26.9 
 
 		 143 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  27.33 
 
 		 299 aa  43.5  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  23.15 
 
 		 287 aa  43.9  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>