201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3237 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  100 
 
 		 296 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  91.55 
 
 		 296 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  43.96 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  38.8 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  40.66 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  35.81 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  36.54 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  35.14 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  35.14 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  35.47 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  36.36 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  34.11 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  34.11 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  35.69 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  39.25 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  38 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  35.57 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2468  UspA domain-containing protein  34.67 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51316  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  34.11 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3290  universal stress protein  34.33 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  30.39 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  28.76 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  26.8 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  29.28 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  27.45 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  27.45 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  27.78 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  28.1 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  27.45 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  29 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  26.8 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  29.41 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  30.87 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  25 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  26.64 
 
 		 310 aa  96.3  5e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  30.1 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  30.03 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  25.08 
 
 		 315 aa  89.7  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  26.86 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  26.85 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  31.49 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  23.84 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  29.09 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  26.07 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  27.12 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  24.75 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  22.85 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2451  UspA domain-containing protein  30.67 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512934 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  24.1 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  27.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  26.42 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  23.75 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  25.25 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  26.09 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  29.86 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  24.92 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  25.09 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  25.99 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  25.99 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  26.4 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  24.5 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  32.73 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  25.08 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  28.51 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  25.17 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  23.33 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  23.13 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  26.84 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  26.2 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  26.65 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  27.73 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  24.5 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  24.66 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  33.33 
 
 		 150 aa  71.6  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  23.75 
 
 		 315 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  24.27 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  26.53 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  22.85 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>