217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03146 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  100 
 
 
315 aa  654    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  34.87 
 
 
327 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  34.52 
 
 
320 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  33.65 
 
 
318 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  30.5 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  28.53 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  30.63 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  28.25 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  27.99 
 
 
326 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  27.59 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  27.13 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  30.41 
 
 
312 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  29.03 
 
 
312 aa  115  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  26.58 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  29.74 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  29.11 
 
 
311 aa  109  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  25 
 
 
311 aa  102  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  23.78 
 
 
310 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  25.33 
 
 
316 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  28.95 
 
 
307 aa  100  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  25 
 
 
310 aa  99.8  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  27.74 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  27.74 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  24.1 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  27.74 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  24.52 
 
 
309 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  27.74 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  27.74 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  25.39 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  26.91 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  26.55 
 
 
316 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  25.71 
 
 
316 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  26.64 
 
 
316 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  23.28 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  23.38 
 
 
310 aa  93.6  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  22.3 
 
 
310 aa  92  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  25.16 
 
 
320 aa  92  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  23.66 
 
 
318 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  23.66 
 
 
318 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2271  UspA domain-containing protein  25.95 
 
 
313 aa  90.9  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  23.79 
 
 
311 aa  90.5  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  26.74 
 
 
319 aa  89.4  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  23.97 
 
 
323 aa  89.4  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  23.64 
 
 
309 aa  89.4  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  21.31 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  22.3 
 
 
310 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  22.3 
 
 
310 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  22.3 
 
 
310 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  21.64 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  21.64 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  21.64 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  21.64 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  20.66 
 
 
310 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  23.47 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  26.38 
 
 
311 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  23.55 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  24.77 
 
 
307 aa  77  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  26.53 
 
 
307 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  26.82 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  25.45 
 
 
271 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  26.76 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  26.77 
 
 
305 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  21.38 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  27.31 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  24.41 
 
 
298 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  24.31 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3969  universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein  59.57 
 
 
53 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  24.16 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  25.17 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.53 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  24.92 
 
 
297 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  23.98 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  24.05 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  24.1 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  25.97 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  24.34 
 
 
303 aa  65.9  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  24.51 
 
 
308 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  25.65 
 
 
316 aa  62.8  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  21.12 
 
 
314 aa  62.4  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  25.19 
 
 
308 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3290  universal stress protein  28.57 
 
 
308 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918618  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  27.13 
 
 
296 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1649  UspA domain-containing protein  24.1 
 
 
305 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  21.54 
 
 
302 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  27.42 
 
 
307 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  24.63 
 
 
308 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2468  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 
308 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51316  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  26.72 
 
 
296 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  24.62 
 
 
297 aa  58.9  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  27.13 
 
 
296 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  24.29 
 
 
289 aa  57.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  25.21 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  22.59 
 
 
323 aa  57.4  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  22.51 
 
 
301 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>