120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3550 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 287 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  94.77 
 
 		 287 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  93.03 
 
 		 287 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  87.46 
 
 		 287 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  70.77 
 
 		 287 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  68.77 
 
 		 287 aa  400  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  68.77 
 
 		 287 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  69.12 
 
 		 287 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  33.89 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  31.02 
 
 		 309 aa  142  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  31.46 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  30.56 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  30.56 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  30.56 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  31.68 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  30.56 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  32.01 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  30.69 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  30.69 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  30.69 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  30.69 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  30.69 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  31.13 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  30.46 
 
 		 311 aa  135  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  29.9 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  30.55 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  29.68 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  30.49 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  30.92 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  30.82 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  30.82 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  30.82 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  31.25 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  30.97 
 
 		 315 aa  126  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  31.25 
 
 		 318 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  30.56 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  30.49 
 
 		 315 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  34.1 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  30.49 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  28.39 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  29.58 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  29.35 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  27.92 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  29.93 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  27.56 
 
 		 319 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  28.85 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  31.8 
 
 		 254 aa  112  9e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  34.58 
 
 		 271 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  27.55 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  27.39 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  28.25 
 
 		 320 aa  99  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  26.3 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  27.3 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  29.23 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  28.24 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  28.57 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  29.15 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  24.63 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  25.12 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  29.84 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  28.06 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  26.51 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  23.62 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  24.63 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  29.07 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  26.32 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  27.19 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  24.88 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.32 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  32.51 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  24.49 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  31.79 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  25.5 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  28.86 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  26.27 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  29.2 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  28 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  30.69 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  27.36 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  23.7 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  27.49 
 
 		 327 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  23.15 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  26.79 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  26.76 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  31.58 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  26.58 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  24.43 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  25.37 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  26.26 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  24.67 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  26.98 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  26.97 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>