166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3288 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  100 
 
 		 308 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  97.08 
 
 		 308 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  87.66 
 
 		 308 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  56.25 
 
 		 307 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  51.84 
 
 		 296 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  44.77 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  41.53 
 
 		 311 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  41.39 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  37.38 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  36.36 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  36.36 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  35.29 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  34.97 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  33.66 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  34.31 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  32.67 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  32.01 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  24.76 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  30.54 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  24.27 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3290  universal stress protein  32.03 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  22.51 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2468  UspA domain-containing protein  31.17 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51316  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  22.01 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  21.68 
 
 		 310 aa  96.3  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  24.12 
 
 		 309 aa  94.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  25.08 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  28.01 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  21.86 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  20.46 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  26.21 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  25.74 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  23.62 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  21.86 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  21.86 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  21.86 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  25.81 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  21.54 
 
 		 310 aa  86.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  26.13 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  24.68 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  24.6 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.03 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  23.47 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  24.76 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  23.71 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  23.15 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  25.41 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  23.45 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  20.58 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  20.58 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  23.45 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  20.58 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  20.58 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  23.45 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  20.58 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  23.45 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  25.78 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  23.68 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  22.88 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  22.88 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  23.13 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  22.26 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  26.67 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  22.31 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  21.56 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  22.8 
 
 		 254 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  21.57 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  24.62 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  23.67 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  22.04 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  22.26 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  22.98 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  23.49 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  24.71 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  22.19 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  25.97 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  24.23 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  27.54 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  28.82 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  25.34 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  23.36 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  25.52 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  25.27 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2451  UspA domain-containing protein  31.28 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512934 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  25.89 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  24.67 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  21.79 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  26.43 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  23.13 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  22.94 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2094  hypothetical protein  23.65 
 
 		 140 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  25.84 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  25 
 
 		 313 aa  52.8  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  23.55 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>