117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3443 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  100 
 
 		 303 aa  621  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  42.36 
 
 		 293 aa  245  6e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  40.34 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  41.49 
 
 		 289 aa  242  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  38.54 
 
 		 294 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  38.73 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  36.36 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  28.47 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  25.95 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  27.11 
 
 		 271 aa  99.4  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  25.77 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  26.84 
 
 		 320 aa  95.5  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  24.74 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  27.31 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  26.89 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  27.38 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  25 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  28.96 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  28.96 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  27.27 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  26.89 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  26.24 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  26.14 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  25.74 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  27.31 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  26.62 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  26.62 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  26.62 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  26.62 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  26.62 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  26.85 
 
 		 310 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  26.85 
 
 		 310 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  26.85 
 
 		 310 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  26.39 
 
 		 310 aa  85.5  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  25.93 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  23.9 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  25.46 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  25.46 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  25.46 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  25.46 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  25.46 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  24.07 
 
 		 309 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  28.37 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  22.99 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  25.91 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  28 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  25.7 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  25.2 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  25.2 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  28 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  26.36 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  22.59 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  26.74 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  28.18 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  26.29 
 
 		 287 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  25.46 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  27.36 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  22.34 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  26.43 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  25.57 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  23.9 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  23.45 
 
 		 320 aa  59.7  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  25.33 
 
 		 311 aa  59.7  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  25.18 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  26.23 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  25.46 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  26.24 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  22.9 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  22.9 
 
 		 291 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  29.11 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  22.93 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  25.74 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  26.94 
 
 		 326 aa  55.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  25.4 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  22.74 
 
 		 308 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  25.12 
 
 		 310 aa  53.1  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0169  hypothetical protein  29.17 
 
 		 151 aa  52.8  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  25.14 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  40 
 
 		 320 aa  51.2  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  22.45 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  25.86 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  25.6 
 
 		 315 aa  50.1  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  27.98 
 
 		 296 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  25.32 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2196  UspA domain-containing protein  29.55 
 
 		 143 aa  48.9  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  24.49 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1744  UspA domain protein  29.17 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1900  UspA domain-containing protein  27.67 
 
 		 277 aa  45.4  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0128633  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  24.57 
 
 		 313 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  24.58 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  26.18 
 
 		 312 aa  44.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  22.5 
 
 		 327 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>