122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_41440 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  100 
 
 
287 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  97.91 
 
 
287 aa  577  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  77.97 
 
 
287 aa  461  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  72.03 
 
 
287 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  69.82 
 
 
287 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  69.47 
 
 
287 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  68.77 
 
 
287 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  67.72 
 
 
287 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  33.01 
 
 
310 aa  159  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  33.33 
 
 
310 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  33.01 
 
 
310 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  33.23 
 
 
310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  32.36 
 
 
310 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  32.36 
 
 
310 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  32.36 
 
 
310 aa  152  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  32.9 
 
 
310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  32.9 
 
 
310 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  32.9 
 
 
310 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  32.9 
 
 
310 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  32.9 
 
 
310 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  32.69 
 
 
309 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  33.01 
 
 
310 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  32.58 
 
 
310 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  31.94 
 
 
310 aa  148  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  32.78 
 
 
311 aa  146  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  36.84 
 
 
307 aa  142  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  30.72 
 
 
316 aa  142  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  30.74 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  31.58 
 
 
316 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  30.84 
 
 
319 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  30.92 
 
 
316 aa  136  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  30.52 
 
 
323 aa  135  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  30.59 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  30.07 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  30.52 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  31.15 
 
 
315 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  31.15 
 
 
315 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  32.92 
 
 
315 aa  133  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  31.15 
 
 
315 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  30 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  30.82 
 
 
315 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  30.82 
 
 
315 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  29.35 
 
 
311 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  30.23 
 
 
318 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  30.23 
 
 
318 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  31.67 
 
 
254 aa  126  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  32.89 
 
 
314 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  30 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  27.15 
 
 
307 aa  120  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  33.94 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  27.85 
 
 
302 aa  109  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  30 
 
 
310 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  28.66 
 
 
320 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  27.52 
 
 
291 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  27.06 
 
 
291 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  24.57 
 
 
291 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  28.64 
 
 
297 aa  96.7  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  29.07 
 
 
310 aa  92.8  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  28.24 
 
 
298 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  27.91 
 
 
298 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  28.05 
 
 
304 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  28.05 
 
 
304 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  30.91 
 
 
320 aa  89  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  31.19 
 
 
318 aa  87.4  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  24.63 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  32.46 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  28.15 
 
 
311 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  22.76 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  29.14 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  23.05 
 
 
296 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  26.61 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.09 
 
 
296 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  26.43 
 
 
293 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  25.12 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  30.9 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  28.7 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  24.92 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  29.35 
 
 
313 aa  75.5  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  27.78 
 
 
327 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  28.74 
 
 
326 aa  75.5  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  26.52 
 
 
289 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  32.57 
 
 
308 aa  73.6  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  23.66 
 
 
294 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  25.89 
 
 
305 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  28.04 
 
 
293 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  25.2 
 
 
303 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  26.16 
 
 
315 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  24.77 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  22.71 
 
 
271 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  26.94 
 
 
307 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  29.51 
 
 
315 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  27.66 
 
 
315 aa  63.2  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  25.71 
 
 
294 aa  61.6  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  24.73 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>